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    Digitale Medien
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    Springer
    European biophysics journal 22 (1993), S. 13-24 
    ISSN: 1432-1017
    Schlagwort(e): Fitness landscapes ; Partition function ; Quasispecies ; RNA secondary structures
    Quelle: Springer Online Journal Archives 1860-2000
    Thema: Biologie , Physik
    Notizen: Abstract Statistical properties of RNA folding landscapes obtained by the partition function algorithm (McCaskill 1990) are investigated in detail. The pair correlation of free energies as a function of the Hamming distance is used as a measure for the ruggedness of the landscape. The calculation of the partition function contains information about the entire ensemble of secondary structures as a function of temperature and opens the door to all quantities of thermodynamic interest, in contrast with the conventional minimal free energy approach. A metric distance of structure ensembles is introduced and pair correlations at the level of the structures themselves are computed. Just as with landscapes based on most stable secondary structure prediction, the landscapes defined on the full biophysical GCAU alphabet are much smoother than the landscapes restricted to pure GC sequences and the correlation lengths are almost constant fractions of the chain lengths. Correlation functions for multi-structure landscapes exhibit an increased correlation length, especially near the melting temperature. However, the main effect on evolution is rather an effective increase in sampling for finite populations where each sequence explores multiple structures.
    Materialart: Digitale Medien
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  • 2
    ISSN: 1522-9602
    Quelle: Springer Online Journal Archives 1860-2000
    Thema: Biologie , Mathematik
    Notizen: Abstract The paper presents a qualitative analysis of the following systems ofn differential equations: $$\dot x_i = x_i x_j - x_i \sum\nolimits_r^n { = 1} x_r x_s {\mathbf{ }}(j = i - 1 + n\delta _{i1} {\mathbf{ }}and{\mathbf{ }}s = r - 1 + n\delta _{r1} )$$ , which show cyclic symmetry. These dynamical systems are of particular interest in the theory of selforganization and biological evolution as well as for application to other fields.
    Materialart: Digitale Medien
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  • 3
    Digitale Medien
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    Springer
    Monatshefte für Chemie 103 (1972), S. 1483-1495 
    ISSN: 1434-4475
    Quelle: Springer Online Journal Archives 1860-2000
    Thema: Chemie und Pharmazie
    Beschreibung / Inhaltsverzeichnis: Zusammenfassung Die Energien und Dipolmomente mehrerer Konformationen von 2,2-Dimethyl-1,3-dioxan-4,6-dion (Meldrumsäure) wurden mit Hilfe der semiempirischenLCAO-MO-SCF-Methode vonPople berechnet. Die Ergebnisse werden mit den experimentellen Dipolmomenten einiger Derivate von 1,3-Dioxan-4,6-dion verglichen. Die Unterschiede zwischen den experimentellen Dipolmomenten dieser Verbindungen können durch Annahme unterschiedlicher Konformerengleichgewichte erklärt werden. Die berechnete Protonenaffinität desMeldrumsäureanions läßt sich in eine Reihe von Aciditäten verschiedenartiger Säuren in Übereinstimmung mit den experimentellen Werten einordnen.
    Notizen: Abstract The total energies and dipole moments of some conformations of 2.2-dimethyl-1,3-dioxane-4,6-dione (Meldrum's acid) were calculated withPople's semiempiricalLCAO-MO-SCF-procedure (CNDO). The results are compared with the experimental dipole moments of 2.2-dimethyl-1.3-dioxane-4.6-dione and its alkyl derivatives. The unusual high differences in the experimental dipole moments of this series of compounds are explained by the assumption of different conformational equilibria. The proton affinity ofMeldrum's acid anion fits well into a series of calculated proton affinities of otherBrønsted acids.
    Materialart: Digitale Medien
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  • 4
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    Springer
    Monatshefte für Chemie 99 (1968), S. 601-605 
    ISSN: 1434-4475
    Quelle: Springer Online Journal Archives 1860-2000
    Thema: Chemie und Pharmazie
    Notizen: Zusammenfassung 1,2-Dimethyl-3,5-dioxopyrazolidin wird durch direkte Umsetzung von Malonsäuredimethylester und sym-Dimethylhydrazin erhalten. Kondensation dieser Verbindung mit aliphatischen und aromatischen Aldehyden liefert elektrisch neutrale organische Lewissäuren, die in bezug auf die UV-Absorption weitestgehend den entsprechenden cyclischen Isopropylidenacylalen von Alkylund Aryl-methylenmalonsäuren gleichen. 1,2-Dimethyl-3,5-pyrazolidinedione obtained directly from dimethyl malonate and sym.-dimethylhydrazine. Condensation with aliphatic and aromatic aldehydes leads to electrically neutral organic Lewis acids. Their UV-spectra are similar to those of the corresponding cyclic isopropylidene acylals of substituted malonic acids.
    Materialart: Digitale Medien
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  • 5
    ISSN: 1434-4475
    Quelle: Springer Online Journal Archives 1860-2000
    Thema: Chemie und Pharmazie
    Beschreibung / Inhaltsverzeichnis: Abstract The reaction is described of the condensation products ofMeldrum's acid with aldehydes1–3 2 with diazomethane in methanol/ether, which leads to the cyclopropane compounds1 b-3 b. This is a known mode of reaction and is predicted by quantum chemical calculations ofP. Schuster. A reaction hitherto unobserved was found in the case of the compound4. The reaction with CH2N2 in methanol/ether at various temperatures yields the compound4 c as well as4 a and4 b. In CHCl3 the reactions yields only4 b in addition to many other high molecular weight products.
    Notizen: Zusammenfassung Es wird die Reaktion der Kondensationsprodukte (1–3) vonMeldrumsäuren mit Diazomethan in Methanol/Äther beschrieben, die zu den Cyclopropanverbindungen1 b-3 b führt. Diese Reaktionsweise ist bekannt und auch nach quantenchemischen Berechnungen des einen von uns (P. Schuster) zu erwarten. Eine neue, bisher nicht beobachtete Reaktion wurde bei der Verbindung4 gefunden. Bei verschiedenen Temperaturen führt die Reaktion mit CH2N2 in Methanol/Äther (außer zu den Verbindungen4 a und4 b) zu4 c. In CHCl3 entsteht nur4 b neben viel allem Anschein nach hochmolekularen Produkten.
    Materialart: Digitale Medien
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  • 6
    ISSN: 1434-4475
    Quelle: Springer Online Journal Archives 1860-2000
    Thema: Chemie und Pharmazie
    Beschreibung / Inhaltsverzeichnis: Zusammenfassung Die Umsetzungen von Isobutylidenmeldrumsäure bzw. von 3-Methyl-2-äthoxycarbonylbutyliden-1-meldrumsäure mit Diazoessigester folgen Geschwindigkietsgesetzen 2. Ordnung. Aus der Temperaturabhängigkeit der Reaktionsgeschwindigkeitskonstanten errechnen sich Aktivierungsparameter, die jenen der 1,3-dipolaren Cycloaddition entsprechen. Diese Werte ändern sich nur wenig bei Übergang zu Lösungsmitteln unterschiedlicher Polarität. Die Ergebnisse lassen auf thermisch labile 1-Pyrazoline als Zwischenprodukte schließen, die dann zu den bekannten, stickstoffreien, stabilen Reaktionsprodukten zerfallen.
    Notizen: Abstract The reaction of either isobutylidenmeldrum acid or 3-methyl-2-ethoxycarbonylbutyliden-1-Meldrum acid with ethyl diazoacetate exhibits second order kinetics. The values of the activation parameters, calculated from the temperature dependence of the rate constants, correspond to those obtained from 1,3 dipolar cyclo-addition reactions. These values are altered only slightly when the polarity of the solvent is changed. These results suggest that the reaction proceeds via a thermally labile 1-pyrazoline which then decomposes to give nitrogen and the observed products.
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  • 7
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    Springer
    Monatshefte für Chemie 96 (1965), S. 396-410 
    ISSN: 1434-4475
    Quelle: Springer Online Journal Archives 1860-2000
    Thema: Chemie und Pharmazie
    Beschreibung / Inhaltsverzeichnis: Abstract The π electron structures of diazo compounds are discussed and 19 examples calculated by means of the Hückel MO method (HMO) after selection of suitable parameters for the heteroatoms. The results obtained are presented as molecular diagrams (Figs. 3 to 21). The chemical behaviour of the compounds investigated can be understood to a great extent with the aid of these molecular diagrams.
    Notizen: Zusammenfassung Es wird die π-Elektronenstruktur von Diazoverbindungen diskutiert und nach Wahl geeigneter Parameter für die Heteroatome mittels der Hückelmethode (HMO) für 19 Beispiele berechnet. Die dabei erhaltenen Resultate sind in den Moleküldiagrammen dieser Verbindungen (Abb. 3 bis Abb. 21) niedergelegt. Das chemische Verhalten der untersuchten Verbindungen läßt sich weitgehend an Hand der Moleküldiagramme verstehen.
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  • 8
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    Springer
    Monatshefte für Chemie 97 (1966), S. 1365-1383 
    ISSN: 1434-4475
    Quelle: Springer Online Journal Archives 1860-2000
    Thema: Chemie und Pharmazie
    Beschreibung / Inhaltsverzeichnis: Abstract Using the experimental values for theK bands of nitro-, m-and p-dinitro- and sym-trinitrobenzene, the parameters of the resonance integrals of the nitro group were calculated to be ρCN=1,1 and ρNO=1,6, and the parameters of the Coulomb integrals estimated as ωO=1,5,ωN=1,8 and ωC=0,25 on the basis of plausibility considerations. The UV-spectra of the above compounds were measured in cyclohexane. The parameters obtained are used to calculate the molecular diagrams and energy levels. The calculated data are in good agreement with the experimental findings, above all when the more extensive inductive effects of the nitro group are suitably taken into account.
    Notizen: Zusammenfassung Unter Benutzung der experimentellen Werte derK-Banden von Nitro-, m- und p-Dinitro- und sym-Trinitrobenzol wurden die Parameter der Resonanzintegrale der Nitrogruppe zu ρCN=1,1 und ρNO=1,6 bestimmt, die Parameter der Coulombintegrale auf Grund von Plausibilitätsbetrachtungen zu ωO=1,5, ωN=1,8 und ωC=0,25 abgeschätzt. Die UV-Spektren der vier genannten Verbindungen wurden in Cyclohexan vermessen. Die erhaltenen Parameter werden zur Berechnung der Moleküldiagramme und Energieniveaus der vier Strukturen benutzt. Die Rechendaten stehen in guter Übereinstimmung mit den experimentellen Befunden, vor allem dann, wenn den weiterreichenden induktiven Effekten der Nitrogruppe in geeigneter Weise Rechnung getragen wird.
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  • 9
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    Springer
    Monatshefte für Chemie 99 (1968), S. 832-837 
    ISSN: 1434-4475
    Quelle: Springer Online Journal Archives 1860-2000
    Thema: Chemie und Pharmazie
    Notizen: Zusammenfassung Erstmalig dargestellt und charakterisiert wurden 2-Chlor-4-amino-5-methylpyrimidin, 2-Trimethylammonium-4-dimethylamino-5-methylpyrimidin, 2-Cyan-4-dimethylamino-5-methylpyrimidin, 2-Amido-4-dimethylamino-5-methylpyrimidin und 2-Carboxy-4-dimethylamino-5-methylpyrimidin. Das 2-Cyan-4-dimethylamino-5-methylpyrimidin ist nicht zum Amin reduzierbar, wofür eine theoretische Erklärung gegeben wird.
    Materialart: Digitale Medien
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  • 10
    Digitale Medien
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    Springer
    Monatshefte für Chemie 97 (1966), S. 145-149 
    ISSN: 1434-4475
    Quelle: Springer Online Journal Archives 1860-2000
    Thema: Chemie und Pharmazie
    Notizen: Zusammenfassung Für die im Titel genannte Umsetzung wird ein Mechanismus aufgestellt und belegt. DasNMR-Spektrum des Methyl-äthylmalonesters wird angegeben.
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