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  • 1
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    Springer
    Monatshefte für Chemie 125 (1994), S. 167-188 
    ISSN: 1434-4475
    Keywords: Inverse folding ; parallel computing ; public domain software ; RNA folding ; RNA secondary structures ; tree editing
    Source: Springer Online Journal Archives 1860-2000
    Topics: Chemistry and Pharmacology
    Description / Table of Contents: Zusammenfassung Die im Vienna RNA package enthaltenen Computer Programme für die Berechnung und den Vergleich von RNA Sekundärstrukturen werden präsentiert. Ihren Kern bilden Algorithmen zur Vorhersage von Strukturen minimaler Energie sowie zur Berechnung von Zustandssumme und Basenpaarungswahrscheinlichkeiten mittels dynamischer Programmierung. Ein effizienter heuristischer Algorithmus für das inverse Faltungsproblem wird vorgestellt. Darüberhinaus präsentieren wir kompakte und effiziente Programme zum Vergleich von RNA Sekundärstrukturen durch Baum-Editierung und Alignierung. Alle Programme sind in ANSI C geschrieben, darunter auch eine Implementation des Faltungs-algorithmus für Parallelrechner mit verteiltem Speicher. Wie Tests auf einem Intel Hypercube zeigen, wird das Parallelrechnen umso effizienter je länger die Sequenzen sind.
    Notes: Summary Computer codes for computation and comparison of RNA secondary structures, the Vienna RNA package, are presented, that are based on dynamic programming algorithms and aim at predictions of structures with minimum free energies as well as at computations of the equilibrium partition functions and base pairing probabilities. An efficient heuristic for the inverse folding problem of RNA is introduced. In addition we present compact and efficient programs for the comparison of RNA secondary structures based on tree editing and alignment. All computer codes are written in ANSI C. They include implementations of modified algorithms on parallel computers with distributed memory. Performance analysis carried out on an Intel Hypercube shows that parallel computing becomes gradually more and more efficient the longer the sequences are.
    Type of Medium: Electronic Resource
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  • 2
    ISSN: 1434-4475
    Source: Springer Online Journal Archives 1860-2000
    Topics: Chemistry and Pharmacology
    Description / Table of Contents: Zusammenfassung Die Umsetzungen von Isobutylidenmeldrumsäure bzw. von 3-Methyl-2-äthoxycarbonylbutyliden-1-meldrumsäure mit Diazoessigester folgen Geschwindigkietsgesetzen 2. Ordnung. Aus der Temperaturabhängigkeit der Reaktionsgeschwindigkeitskonstanten errechnen sich Aktivierungsparameter, die jenen der 1,3-dipolaren Cycloaddition entsprechen. Diese Werte ändern sich nur wenig bei Übergang zu Lösungsmitteln unterschiedlicher Polarität. Die Ergebnisse lassen auf thermisch labile 1-Pyrazoline als Zwischenprodukte schließen, die dann zu den bekannten, stickstoffreien, stabilen Reaktionsprodukten zerfallen.
    Notes: Abstract The reaction of either isobutylidenmeldrum acid or 3-methyl-2-ethoxycarbonylbutyliden-1-Meldrum acid with ethyl diazoacetate exhibits second order kinetics. The values of the activation parameters, calculated from the temperature dependence of the rate constants, correspond to those obtained from 1,3 dipolar cyclo-addition reactions. These values are altered only slightly when the polarity of the solvent is changed. These results suggest that the reaction proceeds via a thermally labile 1-pyrazoline which then decomposes to give nitrogen and the observed products.
    Type of Medium: Electronic Resource
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  • 3
    Electronic Resource
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    Springer
    Monatshefte für Chemie 103 (1972), S. 1483-1495 
    ISSN: 1434-4475
    Source: Springer Online Journal Archives 1860-2000
    Topics: Chemistry and Pharmacology
    Description / Table of Contents: Zusammenfassung Die Energien und Dipolmomente mehrerer Konformationen von 2,2-Dimethyl-1,3-dioxan-4,6-dion (Meldrumsäure) wurden mit Hilfe der semiempirischenLCAO-MO-SCF-Methode vonPople berechnet. Die Ergebnisse werden mit den experimentellen Dipolmomenten einiger Derivate von 1,3-Dioxan-4,6-dion verglichen. Die Unterschiede zwischen den experimentellen Dipolmomenten dieser Verbindungen können durch Annahme unterschiedlicher Konformerengleichgewichte erklärt werden. Die berechnete Protonenaffinität desMeldrumsäureanions läßt sich in eine Reihe von Aciditäten verschiedenartiger Säuren in Übereinstimmung mit den experimentellen Werten einordnen.
    Notes: Abstract The total energies and dipole moments of some conformations of 2.2-dimethyl-1,3-dioxane-4,6-dione (Meldrum's acid) were calculated withPople's semiempiricalLCAO-MO-SCF-procedure (CNDO). The results are compared with the experimental dipole moments of 2.2-dimethyl-1.3-dioxane-4.6-dione and its alkyl derivatives. The unusual high differences in the experimental dipole moments of this series of compounds are explained by the assumption of different conformational equilibria. The proton affinity ofMeldrum's acid anion fits well into a series of calculated proton affinities of otherBrønsted acids.
    Type of Medium: Electronic Resource
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  • 4
    Electronic Resource
    Electronic Resource
    Springer
    Monatshefte für Chemie 97 (1966), S. 1365-1383 
    ISSN: 1434-4475
    Source: Springer Online Journal Archives 1860-2000
    Topics: Chemistry and Pharmacology
    Description / Table of Contents: Abstract Using the experimental values for theK bands of nitro-, m-and p-dinitro- and sym-trinitrobenzene, the parameters of the resonance integrals of the nitro group were calculated to be ρCN=1,1 and ρNO=1,6, and the parameters of the Coulomb integrals estimated as ωO=1,5,ωN=1,8 and ωC=0,25 on the basis of plausibility considerations. The UV-spectra of the above compounds were measured in cyclohexane. The parameters obtained are used to calculate the molecular diagrams and energy levels. The calculated data are in good agreement with the experimental findings, above all when the more extensive inductive effects of the nitro group are suitably taken into account.
    Notes: Zusammenfassung Unter Benutzung der experimentellen Werte derK-Banden von Nitro-, m- und p-Dinitro- und sym-Trinitrobenzol wurden die Parameter der Resonanzintegrale der Nitrogruppe zu ρCN=1,1 und ρNO=1,6 bestimmt, die Parameter der Coulombintegrale auf Grund von Plausibilitätsbetrachtungen zu ωO=1,5, ωN=1,8 und ωC=0,25 abgeschätzt. Die UV-Spektren der vier genannten Verbindungen wurden in Cyclohexan vermessen. Die erhaltenen Parameter werden zur Berechnung der Moleküldiagramme und Energieniveaus der vier Strukturen benutzt. Die Rechendaten stehen in guter Übereinstimmung mit den experimentellen Befunden, vor allem dann, wenn den weiterreichenden induktiven Effekten der Nitrogruppe in geeigneter Weise Rechnung getragen wird.
    Type of Medium: Electronic Resource
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  • 5
    ISSN: 1434-4475
    Keywords: Neutral networks ; Random graphs ; RNA secondary structures ; Zipf's law
    Source: Springer Online Journal Archives 1860-2000
    Topics: Chemistry and Pharmacology
    Description / Table of Contents: Zusammenfassung Die globalen Benziehungen zwischen RNA-Sequenzen und Sekundärstrukturen werden als Abbildungen aus einem Raum aller Sequenzen in einen Raum aller Strukturen aufgefaßt. Diese Abbildungen werden durch Falten aller binären Sequenzen desGC-undAU-Alphabets mit Kettenlängen bis zun=30 untersucht. Die berechneten Strukturdaten werden durch vollständiges Abzählen ausgewertet und als eine exakte Referenz zum Überprüfen analytischer Resultate aus mathematischen Modellen sowie zum Testen statistisch erhobener Proben verwendet. Einige neuartige Konzepte zur Beschreibung der Beziehungen zwischen Sequenzen und Strukturen werden eingehend untersucht, unter ihnen der Begriff derneutralen Netzwerke. Ein neutrales Netzwerk besteht aus allen Sequenzen, die eine bestimmte Struktur ausbilden. Vollständiges Abzählen ermöglicht beispielsweise die Bestimmung aller Strukturen minimaler freier Energie in Abhängigkeit von der Kettenlänge ebenso wie die Bestimmung der Häufigkeitsverteilungen der Strukturen bei konstanten Kettenlängen. Die letzteren folgen einer verallgemeinerten FormZipfschen Gesetzes.
    Notes: Summary Global relations between RNA sequences and secondary structures are understood as mappings from sequence space into shape space. These mappings are investigated by exhaustive folding of allGC andAU sequences with chain lengths up to 30. The computed structural data are evaluated through exhaustive enumeration and used as an exact reference for testing analytical results derived from mathematical models and sampling based on statistical methods. Several new concepts of RNA sequence to secondary structure mappings are investigated, among them that ofneutral networks (being sets of sequences folding into the same structure). Exhaustive enumeration allows to test several previously suggested relations: the number of (minimum free energy) secondary structures as a function of the chain length as well as the frequency distribution of structures at constant chain length (commonly resulting in generalized forms ofZipf's law).
    Type of Medium: Electronic Resource
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  • 6
    ISSN: 1434-4475
    Keywords: Neutral networks ; Percolation of sequence space ; RNA folding ; RNA secondary structures ; Shape space covering
    Source: Springer Online Journal Archives 1860-2000
    Topics: Chemistry and Pharmacology
    Description / Table of Contents: Zusammenfassung Die Beziehungen zwischen RNA-Sequenzen und ihren Sekundärstrukturen werden durch vollständiges Falten allerGC- undAU-Sequenzen mit Kettenlängen bis zun=30 untersucht. Die aus der Informatik bekannte Technik derTries wird zur ökonomischen Datenspeicherung und für rasches Retrieval der gespeicherten Information angewendet. Die berechneten Strukturdaten werden durch vollständiges Abzählen ausgewertet. Sie dienen unter anderem als eine exakte Referenz zum Testen analytischer Resultate aus mathematischen Modellen sowie zur Überprüfung der Ergebnisse statistischer Probennahmen. Verschiedene neuartige Konzepte zur Behandlung der Zusammenhänge zwischen RNA-Sequenzen und Sekundärstrukturen wurden anhand der gewonnenen Daten eingehend untersucht. Unter ihnen befinden sich die Struktur derneutralen Netzwerke (die Gesamtheit der RNA-Sequenzen, die eine bestimmte Struktur ausbilden), diePerkolation des Sequenzraumes durch neutrale Netzwerke sowie das Prinzip derErfassung des Strukturraumes durch einen kleinen Ausschnitt des Sequenzraumes. Die durch vollständiges Abzählen erhaltenen Daten werden mit den analytischen Ergebnissen eines auf der Theorie der Zufallsgraphen aufbauenden Modells verglichen. Dieses Modell gibt die generischen Eigenschaften von Sequenz-Struktur-Relationen wieder, welche lediglich aus der Existenz einer Paarungslogik resultieren. Differenzen zwischen den numerischen und den analytischen Resultaten können als Konsequenzen der spezifischen biophysikalischen Eigenschaften von RNA-Molekülen interpretiert werden.
    Notes: Summary The relations between RNA sequences and secondary structures are investigated by exhaustive folding of allGC andAU sequences with chain lengths up to 30. The technique oftries is used for economic data storage and fast retrieval of information. The computed structural data are evaluated through exhaustive enumeration and used as an exact reference for testing analytical results derived from mathematical models and sampling based on statistical methods. Several new concepts of RNA sequence to secondary structure mappings are investigated, among them the structure ofneutral networks (being sets of RNA sequences folding into the same structure),percolation of sequence space by neutral networks, and the principle ofshape space covering. The data of exhaustive enumeration are compared to the analytical results of arandom graph model that reveals the generic properties of sequence to structure mappings based on some base pairing logic. The differences between the numerical and the analytical results are interpreted in terms of specific biophysical properties of RNA molecules.
    Type of Medium: Electronic Resource
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  • 7
    Electronic Resource
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    Springer
    European biophysics journal 22 (1993), S. 13-24 
    ISSN: 1432-1017
    Keywords: Fitness landscapes ; Partition function ; Quasispecies ; RNA secondary structures
    Source: Springer Online Journal Archives 1860-2000
    Topics: Biology , Physics
    Notes: Abstract Statistical properties of RNA folding landscapes obtained by the partition function algorithm (McCaskill 1990) are investigated in detail. The pair correlation of free energies as a function of the Hamming distance is used as a measure for the ruggedness of the landscape. The calculation of the partition function contains information about the entire ensemble of secondary structures as a function of temperature and opens the door to all quantities of thermodynamic interest, in contrast with the conventional minimal free energy approach. A metric distance of structure ensembles is introduced and pair correlations at the level of the structures themselves are computed. Just as with landscapes based on most stable secondary structure prediction, the landscapes defined on the full biophysical GCAU alphabet are much smoother than the landscapes restricted to pure GC sequences and the correlation lengths are almost constant fractions of the chain lengths. Correlation functions for multi-structure landscapes exhibit an increased correlation length, especially near the melting temperature. However, the main effect on evolution is rather an effective increase in sampling for finite populations where each sequence explores multiple structures.
    Type of Medium: Electronic Resource
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  • 8
    ISSN: 1432-1017
    Keywords: Key words Kinetic folding ; Minimun free energy structures ; RNA secondary structures ; Sequence structure relations
    Source: Springer Online Journal Archives 1860-2000
    Topics: Biology , Physics
    Notes: Abstract Algorithms predicting RNA secondary structures based on different folding criteria – minimum free energies (mfe), kinetic folding (kin), maximum matching (mm) – and different parameter sets are studied systematically. Two base pairing alphabets were used: the binary GC and the natural four-letter AUGC alphabet. Computed structures and free energies depend strongly on both the algorithm and the parameter set. Statistical properties, such as mean number of base pairs, mean numbers of stacks, mean loop sizes, etc., are much less sensitive to the choice of parameter set and even of algorithm. Some features of RNA secondary structures, such as structure correlation functions, shape space covering and neutral networks, seem to depend only on the base pairing logic (GC or AUGC alphabet).
    Type of Medium: Electronic Resource
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  • 9
    Electronic Resource
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    Springer
    Theoretical chemistry accounts 24 (1972), S. 191-200 
    ISSN: 1432-2234
    Source: Springer Online Journal Archives 1860-2000
    Topics: Chemistry and Pharmacology
    Description / Table of Contents: Zusammenfassung Hydrate der Ionen Li+, Na+, Be2+, F− und Cl− mit den Koordinationszahlen 1, 2, 4, 6 und 8 sowie bis zu drei Hydrathüllen wurden mit Hilfe des CNDO/2-Verfahren berechnet. Die Stärke der Wasserstoffbrücken in den äußeren Sphären wird durch die Ladungsübertragung vom Zentralion zu den Liganden stark beeinflußt. Bei F− unterscheidet sich die mittlere Bindungsenergie in der dritten Sphäre kaum mehr vom reinen Wasser; bei Li+ reicht der Einfluß um eine Wasserhülle weiter. Für beide Ionen wird 6 als günstigste Koordinationszahl erhalten.
    Abstract: Résumé Calcul par la méthode CNDO/2 des hydrates des ions Li+, Na+, Be2+, F− et Cl−, à nombres de coordinence 1, 2, 4, 6 et 8, avec jusqu'à trois couches de molécules d'eau. La force de la liaison hydrogène dans les couches externes est largement déterminée par le transfert de charge à partir de l'ion central vers les ligands. Dans la troisième couche d'hydratation de l'ion F− l'énergie de liaison moeyenne est presque la meme que dans les essaims d'eau pure. Dans le cas de Li+ l'influence de l'ion atteint une couche supplémentaire. Pour ces deux ions le nombre de coordinence 6 s'avère le plus favorable.
    Notes: Abstract Hydrates of the ions Li+, Na+, Be2+, F− and Cl− with coordination numbers 1, 2, 4, 6 and 8 and up to three shells of water molecules were calculated with the CNDO/2 method. The strength of the hydrogen bond in the outer shells is determined largely by the charge transfer from the central ion to the ligands. In the third hydration shell of the F− ion the average binding energy is almost the same as in pure water clusters. In the case of Li+ the influence of the ion reaches one shell further. For both ions the coordination number 6 is the most favourable one.
    Type of Medium: Electronic Resource
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  • 10
    Electronic Resource
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    Springer
    Monatshefte für Chemie 96 (1965), S. 396-410 
    ISSN: 1434-4475
    Source: Springer Online Journal Archives 1860-2000
    Topics: Chemistry and Pharmacology
    Description / Table of Contents: Abstract The π electron structures of diazo compounds are discussed and 19 examples calculated by means of the Hückel MO method (HMO) after selection of suitable parameters for the heteroatoms. The results obtained are presented as molecular diagrams (Figs. 3 to 21). The chemical behaviour of the compounds investigated can be understood to a great extent with the aid of these molecular diagrams.
    Notes: Zusammenfassung Es wird die π-Elektronenstruktur von Diazoverbindungen diskutiert und nach Wahl geeigneter Parameter für die Heteroatome mittels der Hückelmethode (HMO) für 19 Beispiele berechnet. Die dabei erhaltenen Resultate sind in den Moleküldiagrammen dieser Verbindungen (Abb. 3 bis Abb. 21) niedergelegt. Das chemische Verhalten der untersuchten Verbindungen läßt sich weitgehend an Hand der Moleküldiagramme verstehen.
    Type of Medium: Electronic Resource
    Location Call Number Expected Availability
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