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Combined 3D-QSAR Modeling and Molecular Docking Study on Indolinone Derivatives as Inhibitors of 3-Phosphoinositide-Dependent Protein Kinase-1 (2008)

AbdulHameed, Mohamed Diwan M. ; Hamza, Adel ; Liu, Junjun ; [weitere]

American Chemical Society

In: Journal of Chemical Information and Modeling. 2008; 48(9): 1760-1772. Published 2008 Aug 22. doi: 10.1021/ci800147v.

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Gradual in Silico Filtering for Druglike Substances (2008)

Schneider, Nadine ; Jäckels, Christine ; Andres, Claudia ; [weitere]

American Chemical Society

In: Journal of Chemical Information and Modeling. 2008; 48(3): 613-628. Published 2008 Feb 13. doi: 10.1021/ci700351y.

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Fully Automated Molecular Mechanics Based Induced Fit Protein−Ligand Docking Method (2008)

Koska, Jürgen ; Spassov, Velin Z. ; Maynard, Allister J. ; [weitere]

American Chemical Society

In: Journal of Chemical Information and Modeling. 2008; 48(10): 1965-1973. Published 2008 Sep 25. doi: 10.1021/ci800081s.

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Atomdroid: A Computational Chemistry Tool for Mobile Platforms (2012)

Feldt, Jonas ; Mata, Ricardo A. ; Dieterich, Johannes M.

American Chemical Society

In: Journal of Chemical Information and Modeling. 2012; 52(4): 1072-1078. Published 2012 Mar 22. doi: 10.1021/ci2004219.

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AIScore — Chemically Diverse Empirical Scoring Function Employing Quantum Chemical Binding Energies of Hydrogen-Bonded Complexes (2008)

Raub, Stephan ; Steffen, Andreas ; Kämper, Andreas ; [weitere]

American Chemical Society

In: Journal of Chemical Information and Modeling. 2008; 48(7): 1492-1510. Published 2008 Jul 01. doi: 10.1021/ci7004669.

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Docking of Noncompetitive Inhibitors into Dengue Virus Type 2 Protease: Understanding the Interactions with Allosteric Binding Sites (2008)

Othman, Rozana ; Kiat, Tan Siew ; Khalid, Norzulaani ; [weitere]

American Chemical Society

In: Journal of Chemical Information and Modeling. 2008; 48(8): 1582-1591. Published 2008 Aug 01. doi: 10.1021/ci700388k.

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Using Molecular Fingerprint as Descriptors in the QSPR Study of Lipophilicity (2008)

Liu, Ruifeng ; Zhou, Diansong

American Chemical Society

In: Journal of Chemical Information and Modeling. 2008; 48(3): 542-549. Published 2008 Feb 16. doi: 10.1021/ci700372s.

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Toward an Improved Clustering of Large Data Sets Using Maximum Common Substructures and Topological Fingerprints (2008)

Böcker, Alexander

American Chemical Society

In: Journal of Chemical Information and Modeling. 2008; 48(11): 2097-2107. Published 2008 Oct 29. doi: 10.1021/ci8000887.

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Fragment-Based de Novo Ligand Design by Multiobjective Evolutionary Optimization (2008)

Dey, Fabian ; Caflisch, Amedeo

American Chemical Society

In: Journal of Chemical Information and Modeling. 2008; 48(3): 679-690. Published 2008 Feb 29. doi: 10.1021/ci700424b.

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Validating and Understanding Ring Conformations Using Small Molecule Crystallographic Data (2012)

Cottrell, Simon J. ; Olsson, Tjelvar S. G. ; Taylor, Robin ; [weitere]

American Chemical Society

In: Journal of Chemical Information and Modeling. 2012; 52(4): 956-962. Published 2012 Mar 16. doi: 10.1021/ci200439d.

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Global Bayesian Models for the Prioritization of Antitubercular Agents (2008)

Prathipati, Philip ; Ma, Ngai Ling ; Keller, Thomas H.

American Chemical Society

In: Journal of Chemical Information and Modeling. 2008; 48(12): 2362-2370. Published 2008 Nov 17. doi: 10.1021/ci800143n.

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Structure-Based and Multiple Potential Three-Dimensional Quantitative Structure–Activity Relationship (SB-MP-3D-QSAR) for Inhibitor Design (2012)

Du, Qi-Shi ; Gao, Jing ; Wei, Yu-Tuo ; [weitere]

American Chemical Society

In: Journal of Chemical Information and Modeling. 2012; 52(4): 996-1004. Published 2012 Apr 13. doi: 10.1021/ci300066y.

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Molecular Docking of Cathepsin L Inhibitors in the Binding Site of Papain (2008)

Beavers, Mary Pat ; Myers, Michael C. ; Shah, Parag P. ; [weitere]

American Chemical Society

In: Journal of Chemical Information and Modeling. 2008; 48(7): 1464-1472. Published 2008 Jul 01. doi: 10.1021/ci800085c.

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Ligand-Based Virtual Screening Approach Using a New Scoring Function (2012)

Hamza, Adel ; Wei, Ning-Ning ; Zhan, Chang-Guo

American Chemical Society

In: Journal of Chemical Information and Modeling. 2012; 52(4): 963-974. Published 2012 Apr 09. doi: 10.1021/ci200617d.

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Publikationsdatum: 2012-04-09

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External Validation and Prediction Employing the Predictive Squared Correlation Coefficient — Test Set Activity Mean vs Training Set Activity Mean (2008)

Schüürmann, Gerrit ; Ebert, Ralf-Uwe ; Chen, Jingwen ; [weitere]

American Chemical Society

In: Journal of Chemical Information and Modeling. 2008; 48(11): 2140-2145. Published 2008 Oct 28. doi: 10.1021/ci800253u.

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Publikationsdatum: 2008-10-28

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Protein–Ligand-Based Pharmacophores: Generation and Utility Assessment in Computational Ligand Profiling (2012)

Meslamani, Jamel ; Li, Jiabo ; Sutter, Jon ; [weitere]

American Chemical Society

In: Journal of Chemical Information and Modeling. 2012; 52(4): 943-955. Published 2012 Apr 11. doi: 10.1021/ci300083r.

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Unbekannt

SYBYL Line Notation (SLN): A Single Notation To Represent Chemical Structures, Queries, Reactions, and Virtual Libraries (2008)

Homer, R. Webster ; Swanson, Jon ; Jilek, Robert J. ; [weitere]

American Chemical Society

In: Journal of Chemical Information and Modeling. 2008; 48(12): 2294-2307. Published 2008 Nov 11. doi: 10.1021/ci7004687.

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Unbekannt

Solubility Challenge: Can You Predict Solubilities of 32 Molecules Using a Database of 100 Reliable Measurements? (2008)

Llinàs, Antonio ; Glen, Robert C. ; Goodman, Jonathan M.

American Chemical Society

In: Journal of Chemical Information and Modeling. 2008; 48(7): 1289-1303. Published 2008 Jul 01. doi: 10.1021/ci800058v.

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Unbekannt

Predicting Kinase Selectivity Profiles Using Free-Wilson QSAR Analysis (2008)

Sciabola, Simone ; Stanton, Robert V. ; Wittkopp, Sarah ; [weitere]

American Chemical Society

In: Journal of Chemical Information and Modeling. 2008; 48(9): 1851-1867. Published 2008 Aug 22. doi: 10.1021/ci800138n.

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Unbekannt

Small Molecule Conformational Preferences Derived from Crystal Structure Data. A Medicinal Chemistry Focused Analysis (2008)

Brameld, Ken A. ; Kuhn, Bernd ; Reuter, Deborah C. ; [weitere]

American Chemical Society

In: Journal of Chemical Information and Modeling. 2008; 48(1): 1-24. Published 2008 Jan 01. doi: 10.1021/ci7002494.

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Unbekannt

Virtual Screening System for Finding Structurally Diverse Hits by Active Learning (2008)

Fujiwara, Yukiko ; Yamashita, Yoshiko ; Osoda, Tsutomu ; [weitere]

American Chemical Society

In: Journal of Chemical Information and Modeling. 2008; 48(4): 930-940. Published 2008 Mar 20. doi: 10.1021/ci700085q.

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Unbekannt

Docking Ligands into Flexible and Solvated Macromolecules. 2. Development and Application of Fitted 1.5 to the Virtual Screening of Potential HCV Polymerase Inhibitors (2008)

Corbeil, Christopher R. ; Englebienne, Pablo ; Yannopoulos, Constantin G. ; [weitere]

American Chemical Society

In: Journal of Chemical Information and Modeling. 2008; 48(4): 902-909. Published 2008 Mar 15. doi: 10.1021/ci700398h.

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Publikationsdatum: 2008-03-15

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Unbekannt

Consensus Scoring with Feature Selection for Structure-Based Virtual Screening (2008)

Teramoto, Reiji ; Fukunishi, Hiroaki

American Chemical Society

In: Journal of Chemical Information and Modeling. 2008; 48(2): 288-295. Published 2008 Jan 30. doi: 10.1021/ci700239t.

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Publikationsdatum: 2008-01-30

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Unbekannt

Robust Cross-Validation of Linear Regression QSAR Models (2008)

Konovalov, Dmitry A. ; Llewellyn, Lyndon E. ; Vander Heyden, Yvan ; [weitere]

American Chemical Society

In: Journal of Chemical Information and Modeling. 2008; 48(10): 2081-2094. Published 2008 Oct 01. doi: 10.1021/ci800209k.

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Unbekannt

Why Are Some Properties More Difficult To Predict than Others? A Study of QSPR Models of Solubility, Melting Point, and Log P (2008)

Hughes, Laura D. ; Palmer, David S. ; Nigsch, Florian ; [weitere]

American Chemical Society

In: Journal of Chemical Information and Modeling. 2008; 48(1): 220-232. Published 2008 Jan 01. doi: 10.1021/ci700307p.

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Targets Looking for Drugs: A Multistep Computational Protocol for the Development of Structure-Based Pharmacophores and Their Applications for Hit Discovery (2008)

Tintori, Cristina ; Corradi, Valentina ; Magnani, Matteo ; [weitere]

American Chemical Society

In: Journal of Chemical Information and Modeling. 2008; 48(11): 2166-2179. Published 2008 Oct 23. doi: 10.1021/ci800105p.

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Publikationsdatum: 2008-10-23

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Unbekannt

Quantifying the Relationships among Drug Classes (2008)

Hert, Jérôme ; Keiser, Michael J. ; Irwin, John J. ; [weitere]

American Chemical Society

In: Journal of Chemical Information and Modeling. 2008; 48(4): 755-765. Published 2008 Mar 13. doi: 10.1021/ci8000259.

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Publikationsdatum: 2008-03-13

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Binding Conformation of 2-Oxoamide Inhibitors to Group IVA Cytosolic Phospholipase A2 Determined by Molecular Docking Combined with Molecular Dynamics (2012)

Mouchlis, Varnavas D. ; Michopoulou, Vasiliki ; Constantinou-Kokotou, Violetta ; [weitere]

American Chemical Society

In: Journal of Chemical Information and Modeling. 2012; 52(1): 243-254. Published 2012 Jan 10. doi: 10.1021/ci2005093.

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Publikationsdatum: 2012-01-10

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Distance Dependent Scoring Function for Describing Protein−Ligand Intermolecular Interactions (2008)

Artemenko, Natalia

American Chemical Society

In: Journal of Chemical Information and Modeling. 2008; 48(3): 569-574. Published 2008 Feb 22. doi: 10.1021/ci700224e.

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Publikationsdatum: 2008-02-22

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On the Applicability of Elastic Network Normal Modes in Small-Molecule Docking (2012)

Matthias Dietzen, Elena Zotenko, Andreas Hildebrandt and Thomas Lengauer

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-02-24

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci2004847

Thema: Chemie und Pharmazie

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Molecular Modeling on Pyrimidine-Urea Inhibitors of TNF-α Production: An Integrated Approach Using a Combination of Molecular Docking, Classification Techniques, and 3D-QSAR CoMSIA (2012)

Varnavas D. Mouchlis, Georgia Melagraki, Thomas Mavromoustakos, George Kollias and Antreas Afantitis

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-03-16

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci200579f

Thema: Chemie und Pharmazie

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Homology Model-Guided 3D-QSAR Studies of HIV-1 Integrase Inhibitors (2012)

Horrick Sharma, Xiaolin Cheng and John K. Buolamwini

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-02-16

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci200485a

Thema: Chemie und Pharmazie

Publiziert von American Chemical Society (ACS)

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A Scaffold-Independent Subcellular Event-Based Analysis: Characterization of Significant Structural Modifications (2012)

Ying-Ting Lin and Guan-Yu Chen

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-02-16

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci200540y

Thema: Chemie und Pharmazie

Publiziert von American Chemical Society (ACS)

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Unbekannt

Ninth International Conference on Chemical Structures, June 5–9, 2011, Noordwijkerhout, The Netherlands (2012)

Wendy A. Warr

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-02-16

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci3000584

Thema: Chemie und Pharmazie

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Understanding Product Specificity of Protein Lysine Methyltransferases from QM/MM Molecular Dynamics and Free Energy Simulations: The Effects of Mutation on SET7/9 beyond the Tyr/Phe Switch (2012)

Jianzhuang Yao, Yuzhuo Chu, Ran An and Hong Guo

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In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-02-17

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci200364m

Thema: Chemie und Pharmazie

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AsteriX: A Web Server To Automatically Extract Ligand Coordinates from Figures in PDF Articles (2012)

V. Lounnas and G. Vriend

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In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-02-17

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci2004303

Thema: Chemie und Pharmazie

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Computational Prediction of Metabolism: Sites, Products, SAR, P450 Enzyme Dynamics, and Mechanisms (2012)

Johannes Kirchmair, Mark J. Williamson, Jonathan D. Tyzack, Lu Tan, Peter J. Bond, Andreas Bender and Robert C. Glen

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-02-19

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci200542m

Thema: Chemie und Pharmazie

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S4MPLE – Sampler For Multiple Protein–Ligand Entities: Simultaneous Docking of Several Entities (2012)

Laurent Hoffer and Dragos Horvath

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-12-26

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300495r

Thema: Chemie und Pharmazie

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Incorporating Backbone Flexibility in MedusaDock Improves Ligand-Binding Pose Prediction in the CSAR2011 Docking Benchmark (2012)

Feng Ding and Nikolay V. Dokholyan

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In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-12-25

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300478y

Thema: Chemie und Pharmazie

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In Silico Prediction of Aqueous Solubility Using Simple QSPR Models: The Importance of Phenol and Phenol-like Moieties (2012)

Jogoth Ali, Patrick Camilleri, Marc B. Brown, Andrew J. Hutt and Stewart B. Kirton

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-11-03

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300447c

Thema: Chemie und Pharmazie

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Dissociation of Membrane-Anchored Heterotrimeric G-Protein Induced by Gα Subunit Binding to GTP (2012)

Maxime Louet, Landry Charlier, Jean Martinez and Nicolas Floquet

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-11-08

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci3003717

Thema: Chemie und Pharmazie

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Virtual Screening Yields Inhibitors of Novel Antifungal Drug Target, Benzoate 4-Monooxygenase (2012)

Sabina Berne, Barbara Podobnik, Neja Zupanec, Metka Novak, Nada Kraševec, Samo Turk, Branka Korošec, Ljerka Lah, Erika Šuligoj, Jure Stojan, Stanislav Gobec and Radovan Komel

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-11-09

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci3004418

Thema: Chemie und Pharmazie

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Molecular Dynamics Investigation on a Series of HIV Protease Inhibitors: Assessing the Performance of MM-PBSA and MM-GBSA Approaches (2012)

Hemant Kumar Srivastava and G. Narahari Sastry

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-11-09

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300385h

Thema: Chemie und Pharmazie

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Design of a Three-Dimensional Multitarget Activity Landscape (2012)

Antonio de la Vega de León and Jürgen Bajorath

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-11-09

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300444p

Thema: Chemie und Pharmazie

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Insight into the Fundamental Interactions between LEDGF Binding Site Inhibitors and Integrase Combining Docking and Molecular Dynamics Simulations (2012)

Laura De Luca, Francesca Morreale and Alba Chimirri

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-12-12

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300361e

Thema: Chemie und Pharmazie

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Drug Side-Effect Prediction Based on the Integration of Chemical and Biological Spaces (2012)

Yoshihiro Yamanishi, Edouard Pauwels and Masaaki Kotera

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-12-05

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci2005548

Thema: Chemie und Pharmazie

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GalaxyDock: Protein–Ligand Docking with Flexible Protein Side-chains (2012)

Woong-Hee Shin and Chaok Seok

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-12-14

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300342z

Thema: Chemie und Pharmazie

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In Silico Deconstruction of ATP-Competitive Inhibitors of Glycogen Synthase Kinase-3β (2012)

Paola Bisignano, Chiara Lambruschini, Manuele Bicego, Vittorio Murino, Angelo D. Favia and Andrea Cavalli

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-12-14

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300355p

Thema: Chemie und Pharmazie

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Reading PDB: Perception of Molecules from 3D Atomic Coordinates (2012)

Sascha Urbaczek, Adrian Kolodzik, Inken Groth, Stefan Heuser and Matthias Rarey

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-12-18

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300358c

Thema: Chemie und Pharmazie

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GRID-Based Three-Dimensional Pharmacophores II: PharmBench, a Benchmark Data Set for Evaluating Pharmacophore Elucidation Methods (2012)

Simon Cross, Francesco Ortuso, Massimo Baroni, Giosuè Costa, Simona Distinto, Federica Moraca, Stefano Alcaro and Gabriele Cruciani

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-09-22

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300154n

Thema: Chemie und Pharmazie

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Novel Insights of Structure-Based Modeling for RNA-Targeted Drug Discovery (2012)

Lu Chen, George A. Calin and Shuxing Zhang

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-09-22

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300320t

Thema: Chemie und Pharmazie

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GRID-Based Three-Dimensional Pharmacophores I: FLAPpharm, a Novel Approach for Pharmacophore Elucidation (2012)

Simon Cross, Massimo Baroni, Laura Goracci and Gabriele Cruciani

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-09-22

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300153d

Thema: Chemie und Pharmazie

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Multiscale Macromolecular Simulation: Role of Evolving Ensembles (2012)

A. Singharoy, H. Joshi and P. J. Ortoleva

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-09-29

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci3002952

Thema: Chemie und Pharmazie

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Quantifying and Assessing the Effect of Chemical Symmetry in Metabolic Pathways (2012)

Wanding Zhou and Luay Nakhleh

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-09-29

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300259u

Thema: Chemie und Pharmazie

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Growth of Ligand–Target Interaction Data in ChEMBL Is Associated with Increasing and Activity Measurement-Dependent Compound Promiscuity (2012)

Ye Hu and Jürgen Bajorath

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-09-29

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci3003304

Thema: Chemie und Pharmazie

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Modeling of Open, Closed, and Open-Inactivated States of the hERG1 Channel: Structural Mechanisms of the State-Dependent Drug Binding (2012)

Serdar Durdagi, Sumukh Deshpande, Henry J Duff and Sergei Y. Noskov

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-10-03

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300353u

Thema: Chemie und Pharmazie

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Theoretical Studies on the Susceptibility of Oseltamivir against Variants of 2009 A/H1N1 Influenza Neuraminidase (2012)

Lin Li, Youyong Li, Liling Zhang and Tingjun Hou

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-10-03

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300375k

Thema: Chemie und Pharmazie

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Discovery of Novel Tubulin Inhibitors via Structure-Based Hierarchical Virtual Screening (2012)

Ran Cao, Minyu Liu, Min Yin, Quanhai Liu, Yanli Wang and Niu Huang

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-10-03

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300302c

Thema: Chemie und Pharmazie

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Unbekannt

Identification of Multitarget Activity Ridges in High-Dimensional Bioactivity Spaces (2012)

Disha Gupta-Ostermann and Jürgen Bajorath

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-10-05

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci3003683

Thema: Chemie und Pharmazie

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Critical Analysis of CCSD Data Quality (2012)

K. S. Egorova and Ph. V. Toukach

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-10-13

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci3002815

Thema: Chemie und Pharmazie

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The Generation of Fullerenes (2012)

Gunnar Brinkmann, Jan Goedgebeur and Brendan D. McKay

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-10-13

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci3003107

Thema: Chemie und Pharmazie

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Plane of Best Fit: A Novel Method to Characterize the Three-Dimensionality of Molecules (2012)

Nicholas C. Firth, Nathan Brown and Julian Blagg

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-09-27

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300293f

Thema: Chemie und Pharmazie

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HELM: A Hierarchical Notation Language for Complex Biomolecule Structure Representation (2012)

Tianhong Zhang, Hongli Li, Hualin Xi, Robert V. Stanton and Sergio H. Rotstein

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-09-27

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci3001925

Thema: Chemie und Pharmazie

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Modeling Androgen Receptor Flexibility: A Binding Mode Hypothesis of CYP17 Inhibitors/Antiandrogens for Prostate Cancer Therapy (2012)

Eleonora Gianti and Randy J. Zauhar

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-10-03

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci3002342

Thema: Chemie und Pharmazie

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ReactionPredictor: Prediction of Complex Chemical Reactions at the Mechanistic Level Using Machine Learning (2012)

Matthew A. Kayala and Pierre Baldi

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-10-03

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci3003039

Thema: Chemie und Pharmazie

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Information-Theoretic Approach for the Discovery of Design Rules for Crystal Chemistry (2012)

Chang Sun Kong, Wei Luo, Sergiu Arapan, Pierre Villars, Shuichi Iwata, Rajeev Ahuja and Krishna Rajan

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-07-13

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci200628z

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Extending the Activity Cliff Concept: Structural Categorization of Activity Cliffs and Systematic Identification of Different Types of Cliffs in the ChEMBL Database (2012)

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American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-07-13

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300274c

Thema: Chemie und Pharmazie

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Switchable Nonlinear Optical Properties of η5-Monocyclopentadienylmetal Complexes: A DFT Approach (2012)

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In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-08-17

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300226t

Thema: Chemie und Pharmazie

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Comparison and Druggability Prediction of Protein–Ligand Binding Sites from Pharmacophore-Annotated Cavity Shapes (2012)

Jérémy Desaphy, Karima Azdimousa, Esther Kellenberger and Didier Rognan

American Chemical Society (ACS)

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Publikationsdatum: 2012-08-17

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300184x

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Accurate Atom-Mapping Computation for Biochemical Reactions (2012)

Mario Latendresse, Jeremiah P. Malerich, Mike Travers and Peter D. Karp

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In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-10-16

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci3002217

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PLS-Optimal: A Stepwise D-Optimal Design Based on Latent Variables (2012)

Stefan Brandmaier, Ullrika Sahlin, Igor V. Tetko and Tomas Öberg

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Publikationsdatum: 2012-04-12

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci3000198

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Protein–Ligand-Based Pharmacophores: Generation and Utility Assessment in Computational Ligand Profiling (2012)

Jamel Meslamani, Jiabo Li, Jon Sutter, Adrian Stevens, Hugues-Olivier Bertrand and Didier Rognan

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Publikationsdatum: 2012-04-12

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300083r

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Chemical and Biological Properties of Frequent Screening Hits (2012)

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Publikationsdatum: 2012-04-13

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300005y

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Predicting the Sites and Energies of Noncovalent Intermolecular Interactions Using Local Properties (2012)

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Publikationsdatum: 2012-04-14

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300095x

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Ligand Aligning Method for Molecular Docking: Alignment of Property-Weighted Vectors (2012)

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Publikationsdatum: 2012-04-14

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci200501p

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Structure-Based and Multiple Potential Three-Dimensional Quantitative Structure–Activity Relationship (SB-MP-3D-QSAR) for Inhibitor Design (2012)

Qi-Shi Du, Jing Gao, Yu-Tuo Wei, Li-Qin Du, Shu-Qing Wang and Ri-Bo Huang

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-04-14

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300066y

Thema: Chemie und Pharmazie

Publiziert von American Chemical Society (ACS)

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Recognizing Pitfalls in Virtual Screening: A Critical Review (2012)

Thomas Scior, Andreas Bender, Gary Tresadern, José L. Medina-Franco, Karina Martínez-Mayorga, Thierry Langer, Karina Cuanalo-Contreras and Dimitris K. Agrafiotis

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-04-07

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci200528d

Thema: Chemie und Pharmazie

Publiziert von American Chemical Society (ACS)

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Speeding Up Chemical Searches Using the Inverted Index: The Convergence of Chemoinformatics and Text Search Methods (2012)

Ramzi Nasr, Rares Vernica, Chen Li and Pierre Baldi

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-04-11

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci200552r

Thema: Chemie und Pharmazie

Publiziert von American Chemical Society (ACS)

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Simple Structure-Based Approach for Predicting the Activity of Inhibitors of Beta-Secretase (BACE1) Associated with Alzheimer’s Disease (2012)

Anthony F. Nastase and Donald B. Boyd

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-12-04

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300331d

Thema: Chemie und Pharmazie

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Prediction of Activity Cliffs Using Support Vector Machines (2012)

Kathrin Heikamp, Xiaoying Hu, Aixia Yan and Jürgen Bajorath

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-08-24

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300306a

Thema: Chemie und Pharmazie

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GA(M)E-QSAR: A Novel, Fully Automatic Genetic-Algorithm-(Meta)-Ensembles Approach for Binary Classification in Ligand-Based Drug Design (2012)

Yunierkis Pérez-Castillo, Cosmin Lazar, Jonatan Taminau, Mathy Froeyen, Miguel Ángel Cabrera-Pérez and Ann Nowé

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-08-29

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300146h

Thema: Chemie und Pharmazie

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Mining Chemical Reactions Using Neighborhood Behavior and Condensed Graphs of Reactions Approaches (2012)

Aurélie de Luca, Dragos Horvath, Gilles Marcou, Vitaly Solov’ev and Alexandre Varnek

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-09-05

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300149n

Thema: Chemie und Pharmazie

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Development of a Computational Tool to Rival Experts in the Prediction of Sites of Metabolism of Xenobiotics by P450s (2012)

Valérie Campagna-Slater, Joshua Pottel, Eric Therrien, Louis-David Cantin and Nicolas Moitessier

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-09-05

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci3003073

Thema: Chemie und Pharmazie

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QSAR Models for P-Glycoprotein Transport Based on a Highly Consistent Data Set (2012)

Fabio Broccatelli

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-09-05

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci3002809

Thema: Chemie und Pharmazie

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Erratum: 13C NMRDistance Matrix Descriptors: Optimal Abstract 3D Space Granularity for Predicting Estrogen Binding (2012)

Svetoslav H. Slavov, Elizabeth L. Geesaman, Bruce A. Pearce, Laura K. Schnackenberg, Dan A. Buzatu, Jon G. Wilkes and Richard D. Beger

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-08-25

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300389y

Thema: Chemie und Pharmazie

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Autoinhibitory Mechanism for the Mutation-Induced Impaired FGF9 Signaling (2012)

Ying Wang, Xiao-Lin Wu, Dong-Qing Wei, Yi-Xue Li and Jing-Fang Wang

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-09-06

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci3003045

Thema: Chemie und Pharmazie

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Macrostate Identification from Biomolecular Simulations through Time Series Analysis (2012)

Weizhuang Zhou, Efthimios Motakis, Gloria Fuentes and Chandra S. Verma

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-09-06

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300341v

Thema: Chemie und Pharmazie

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Alignment-Independent Comparison of Binding Sites Based on DrugScore Potential Fields Encoded by 3D Zernike Descriptors (2012)

Britta Nisius and Holger Gohlke

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-08-23

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300244y

Thema: Chemie und Pharmazie

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Insights into the Role of Magnesium Triad in myo-Inositol Monophosphatase: Metal Mechanism, Substrate Binding, and Lithium Therapy (2012)

Shaoyong Lu, Wenkang Huang, Xiaobai Li, Zhimin Huang, Xinyi Liu, Yingyi Chen, Ting Shi and Jian Zhang

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-08-23

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300172r

Thema: Chemie und Pharmazie

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A System for Encoding and Searching Markush Structures (2012)

David A. Cosgrove, Keith M. Green, Andrew G. Leach, Andrew Poirrette and Jon Winter

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-07-19

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci3000387

Thema: Chemie und Pharmazie

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CRDOCK: An Ultrafast Multipurpose Protein–Ligand Docking Tool (2012)

Álvaro Cortés Cabrera, Javier Klett, Helena G. Dos Santos, Almudena Perona, Rubén Gil-Redondo, Sandrea M. Francis, Eva M. Priego, Federico Gago and Antonio Morreale

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-07-20

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300194a

Thema: Chemie und Pharmazie

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Detecting Drug Promiscuity Using Gaussian Ensemble Screening (2012)

Violeta I. Pérez-Nueno, Vishwesh Venkatraman, Lazaros Mavridis and David W. Ritchie

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-07-20

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci3000979

Thema: Chemie und Pharmazie

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Molecular Dynamics Approach to Probe the Allosteric Inhibition of PTP1B by Chlorogenic and Cichoric Acid (2012)

Sarath Kumar Baskaran, Nabajyoti Goswami, Sudhagar Selvaraj, Velusamy Shanmuganathan Muthusamy and Baddireddi Subhadra Lakshmi

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-07-20

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci200581g

Thema: Chemie und Pharmazie

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Virtual Target Screening: Validation Using Kinase Inhibitors (2012)

Daniel N. Santiago, Yuri Pevzner, Ashley A. Durand, Minh; Phuong Tran, Rachel R. Scheerer, Kenyon Daniel, Shen-Shu Sung, H. Lee Woodcock, Wayne C. Guida and Wesley H. Brooks

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-07-25

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300073m

Thema: Chemie und Pharmazie

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Engineering Protein Therapeutics: Predictive Performances of a Structure-Based Virtual Affinity Maturation Protocol (2012)

Michael Oberlin, Romano Kroemer, Vincent Mikol, Hervé Minoux, Erdogan Tastan, Nicolas Baurin and

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-07-25

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci3001474

Thema: Chemie und Pharmazie

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The Large Scale Conformational Change of the Human DPP III–Substrate Prefers the “Closed” Form (2012)

Antonija Tomić, Miguel González and Sanja Tomić

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-06-15

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300141k

Thema: Chemie und Pharmazie

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Mining Electronic Laboratory Notebooks: Analysis, Retrosynthesis, and Reaction Based Enumeration (2012)

Clara D. Christ, Matthias Zentgraf and Jan M. Kriegl

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-06-16

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300116p

Thema: Chemie und Pharmazie

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SAR Matrices: Automated Extraction of Information-Rich SAR Tables from Large Compound Data Sets (2012)

Anne Mai Wassermann, Peter Haebel, Nils Weskamp and Jürgen Bajorath

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-06-16

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300206e

Thema: Chemie und Pharmazie

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In silico Prediction of Total Human Plasma Clearance (2012)

Giuliano Berellini, Nigel J. Waters and Franco Lombardo

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-07-19

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300155y

Thema: Chemie und Pharmazie

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Identification of Non-Macrocyclic Small Molecule Inhibitors against the NS3/4A Serine Protease of Hepatitis C Virus through in Silico Screening (2012)

Rima Chaudhuri, Hyun Lee, Lena Truong, Jaime Torres, Kavankumar Patel and Michael E. Johnson

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2012-07-21

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci300177p

Thema: Chemie und Pharmazie

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