ALBERT

Beschreibung: Submarine permafrost is more vulnerable to thawing than permafrost on land. Besides increased heat transfer from the ocean water, the penetration of salt lowers the freezing temperature and accelerates permafrost degradation. Microbial communities in thawing permafrost are expected to be stimulated by warming but how they develop under submarine conditions is completely unknown. We used the unique records of two submarine permafrost cores from the Laptev Sea on the East Siberian Arctic Shelf, inundated about 540 and 2500 years ago, to trace how bacterial communities develop depending on duration of the marine influence and pore water chemistry. Combined with geochemical analysis, we quantified total cell numbers and bacterial gene copies, and determined the community structure of bacteria using deep sequencing of the bacterial 16S rRNA gene. We show that submarine permafrost is an extreme habitat for microbial life deep below the seafloor with changing thermal and chemical conditions. Pore water chemistry revealed different pore water units reflecting the degree of marine influence and stages of permafrost thaw. Millennia after inundation by sea water, bacteria stratify into communities in permafrost, marine-affected permafrost, and seabed sediments. In contrast to pore water chemistry, the development of bacterial community structure, diversity and abundance in submarine permafrost appears site-specific, showing that both sedimentation and permafrost thaw histories strongly affect bacteria. Finally, highest microbial abundance was observed in the ice-bonded seawater unaffected but warmed permafrost of the longer inundated core, suggesting that permafrost bacterial communities exposed to submarine conditions start to proliferate millennia after warming.

Beschreibung: Strain NGK65T, a novel hexadecane degrading, non-motile, Gram-positive, rod-to-coccus shaped, aerobic bacterium, was isolated from plastic polluted soil sampled at a landfill. Strain NGK65T hydrolysed casein, gelatin, urea and was catalase-positive. It optimally grew at 28 °C, in 0–1% NaCl and at pH 7.5–8.0. Glycerol, d-glucose, arbutin, aesculin, salicin, potassium 5-ketogluconate, sucrose, acetate, pyruvate and hexadecane were used as sole carbon sources. The predominant membrane fatty acids were iso-C16:0 followed by iso-C17:0 and C18:1 ω9c. The major polar lipids were phosphatidylglycerol, phosphatidylethanolamine, phosphatidylinositol and hydroxyphosphatidylinositol. The cell-wall peptidoglycan type was A3γ, with ll-diaminopimelic acid and glycine as the diagnostic amino acids. MK 8 (H4) was the predominant menaquinone. Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequences indicated that strain NGK65T belongs to the genus Nocardioides (phylum Actinobacteria), appearing most closely related to Nocardioides daejeonensis MJ31T (98.6%) and Nocardioides dubius KSL-104T (98.3%). The genomic DNA G+C content of strain NGK65T was 68.2%. Strain NGK65T and the type strains of species involved in the analysis had average nucleotide identity values of 78.3–71.9% as well as digital DNA–DNA hybridization values between 22.5 and 19.7%, which clearly indicated that the isolate represents a novel species within the genus Nocardioides. Based on phenotypic and molecular characterization, strain NGK65T can clearly be differentiated from its phylogenetic neighbours to establish a novel species, for which the name Nocardioides alcanivorans sp. nov. is proposed. The type strain is NGK65T (=DSM 113112T=NCCB 100846T).

Beschreibung: Strain NGK35T is a motile, Gram-stain- negative,rod-shaped (1.0–2.1 μm long and 0.6–0.8 μm wide), aerobic bacterium that was isolated from plastic-polluted landfill soil. The strain grew at temperatures between 6 and 37 °C (optimum, 28 °C), in 0–10 % NaCl (optimum, 1 %) and at pH 6.0–9.5 (optimum, pH 7.5–8.5). It was positive for cytochrome c oxidase, catalase as well as H2S production, and hydrolysed casein and urea. It used a variety of different carbon sources including citrate, lactate and pyruvate. The predominant membrane fatty acids were C16 : 1 cis9 and C16 : 0, followed by C17 : 0 cyclo and C18 : 1 cis11. The major polar lipids were phosphatidylglycerol and phosphatidylethanolamine, followed by diphosphatidyglycerol. The only quinone was ubiquinone Q-8. Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequences indicated that strain NGK35T belongs to the genus Paenalcaligenes (family Alcaligenaceae), appearing most closely related to Paenalcaligenes hominis CCUG 53761AT (96.90 %) and Paenalcaligenes suwonensis ABC02-12T (96.94 %). The genomic DNA G+C content of strain NGK35T was 52.1 mol %. Genome-based calculations (genome-to-genome distance, average nucleotide identity and DNA G+C content) clearly indicated that the isolate represents a novel species within the genus Paenalcaligenes. Based on phenotypic and molecular characterization, strain NGK35T can clearly be differentiated from its phylogenetic neighbours establishing a novel species, for which the name Paenalcaligenes niemegkensis sp. nov. is proposed. The type strain is NGK35T (=DSM 113270T=NCCB 100854T).

Beschreibung: Die geowissenschaftlichen Abwägungskriterien des Standortauswahlgesetzes dienen der Beschreibung der geologischen Gesamtsituation der Wirtsgesteine, sowie der Bewertung potenzieller Standortregionen für ihre Eignung als Endlager. Tonsteine verfügen unter anderem über eine geringe Durchlässigkeit für Flüssigkeiten und Gase, sowie über ein großes Isolations- und Rückhaltevermögen für Radionuklide. Aufgrund dieser und anderer positiver Eigenschaften werden Tonsteine als Wirtsgestein für die Endlagerung von radioaktiven Abfällen in Betracht gezogen.

Beschreibung: The Gram-negative bacterium Paenalcaligenes niemegkensis NGK35T was isolated from plastic debris in an abandoned landfill. It has the ability to grow on polyethylene and hexadecane as the sole carbon sources. Here, we report the corresponding draft genome, which contains 3.66 Mbp and is characterized by a G+C content of 52.1%.

Beschreibung: The Gram-positive bacterium Nocardioides alcanivorans NGK65T was isolated from plastic-polluted soil and cultivated on medium with polyethylene as the single carbon source. Nanopore sequencing revealed the presence of candidate enzymes for the biodegradation of polyethylene. Here, we report the draft genome of this newly described member of the terrestrial plastisphere.

Beschreibung: Microorganisms are known to be natural agents of biocorrosion and mineral transformation, thereby potentially affecting the safety of deep geological repositories used for high-level nuclear waste storage. To better understand how resident microbial communities of the deep terrestrial biosphere may act on mineralogical and geochemical characteristics of insulating clays, we analyzed their structure and potential metabolic functions, as well as site-specific mineralogy and element composition from the dedicated Mont Terri underground research laboratory, Switzerland. We found that the Opalinus Clay formation is mainly colonized by Alphaproteobacteria, Firmicutes, and Bacteroidota, which are known for corrosive biofilm formation. Potential iron-reducing bacteria were predominant in comparison to methanogenic archaea and sulfate-reducing bacteria. Despite microbial communities in Opalinus Clay being in majority homogenous, site-specific mineralogy and geochemistry conditions have selected for subcommunities that display metabolic potential for mineral dissolution and transformation. Our findings indicate that the presence of a potentially low-active mineral-associated microbial community must be further studied to prevent effects on the repository's integrity over the long term.

Beschreibung: The Arctic region is especially impacted by global warming as temperatures in high latitude regions have increased and are predicted to further rise at levels above the global average. This is crucial to Arctic soils and the shallow shelves of the Arctic Ocean as they are underlain by permafrost. Perennially frozen ground is a habitat for a large number and great diversity of viable microorganisms, which can remain active even under freezing conditions. Warming and thawing of permafrost makes trapped soil organic carbon more accessible to microorganisms. They can transform it to the greenhouse gases carbon dioxide, methane and nitrous oxide. On the other hand, it is assumed that thawing of the frozen ground stimulates microbial activity and carbon turnover. This can lead to a positive feedback loop of warming and greenhouse gas release. Submarine permafrost covers most areas of the Siberian Arctic Shelf and contains a large though unquantified carbon pool. However, submarine permafrost is not only affected by changes in the thermal regime but by drastic changes in the geochemical composition as it formed under terrestrial conditions and was inundated by Holocene sea level rise and coastal erosion. Seawater infiltration into permafrost sediments resulted in an increase of the pore water salinity and, thus, in thawing of permafrost in the upper sediment layers even at subzero temperatures. The permafrost below, which was not affected by seawater, remained ice-bonded, but warmed through seawater heat fluxes. The objective of this thesis was to study microbial communities in submarine permafrost with a focus on their response to seawater influence and long-term warming using a combined approach of molecular biological and physicochemical analyses. The microbial abundance, community composition and structure as well as the diversity were investigated in drill cores from two locations in the Laptev Sea, which were subjected to submarine conditions for centuries to millennia. The microbial abundance was measured through total cell counts and copy numbers of the 16S rRNA gene and of functional genes. The latter comprised genes which are indicative for methane production (mcrA) and sulfate reduction (dsrB). The microbial community was characterized by high-throughput-sequencing of the 16S rRNA gene. Physicochemical analyses included the determination of the pore water geochemical and stable isotopic composition, which were used to describe the degree of seawater influence. One major outcome of the thesis is that the submarine permafrost stratified into different so-called pore water units centuries as well as millennia after inundation: (i) sediments that were mixed with seafloor sediments, (ii) sediments that were infiltrated with seawater, and (iii) sediments that were unaffected by seawater. This stratification was reflected in the submarine permafrost microbial community composition only millennia after inundation but not on time-scales of centuries. Changes in the community composition as well as abundance were used as a measure for microbial activity and the microbial response to changing thermal and geochemical conditions. The results were discussed in the context of permafrost temperature, pore water composition, paleo-climatic proxies and sediment age. The combination of permafrost warming and increasing salinity as well as permafrost warming alone resulted in a disturbance of the microbial communities at least on time-scales of centuries. This was expressed by a loss of microbial abundance and bacterial diversity. At the same time, the bacterial community of seawater unaffected but warmed permafrost was mainly determined by environmental and climatic conditions at the time of sediment deposition. A stimulating effect of warming was observed only in seawater unaffected permafrost after millennia-scale inundation, visible through increased microbial abundance and reduced amounts of substrate. Despite submarine exposure for centuries to millennia, the community of bacteria in submarine permafrost still generally resembled the community of terrestrial permafrost. It was dominated by phyla like Actinobacteria, Chloroflexi, Firmicutes, Gemmatimonadetes and Proteobacteria, which can be active under freezing conditions. Moreover, the archaeal communities of both study sites were found to harbor high abundances of marine and terrestrial anaerobic methane oxidizing archaea (ANME). Results also suggested ANME populations to be active under in situ conditions at subzero temperatures. Modeling showed that potential anaerobic oxidation of methane (AOM) could mitigate the release of almost all stored or microbially produced methane from thawing submarine permafrost. Based on the findings presented in this thesis, permafrost warming and thawing under submarine conditions as well as permafrost warming without thaw are supposed to have marginal effects on the microbial abundance and community composition, and therefore likely also on carbon mobilization and the formation of methane. Thawing under submarine conditions even stimulates AOM and thus mitigates the release of methane.

Beschreibung: Die globale Erwärmung beeinträchtigt die Arktische Region besonders stark. Im Vergleich zum globalen Mittel sind die Temperaturen in den hohen Breitengraden am stärksten gestiegen und werden voraussichtlich auch weiterhin am stärksten ansteigen. Das ist äußerst kritisch, da arktische Böden und die flachen Schelfgebiete des Arktischen Ozeans von Permafrost geprägt sind. Dieser mehrjährig gefrorene Boden ist ein Habitat für eine große Anzahl und Diversität von Mikroorganismen, die lebensfähig sind und auch unter gefrorenen Bedingungen aktiv sein können. Einerseits machen eine Erwärmung und das Tauen des Permafrosts gespeicherten organischen Kohlenstoff zugänglicher für die Mikroorganismen. Diese können den Kohlenstoff in die Treibhausgase Kohlenstoffdioxid, Methan und Distickstoffoxid umwandeln. Andererseits stimuliert das Tauen des gefrorenen Bodens die mikrobielle Aktivität und den Kohlenstoffumsatz. Das kann zu einem sich verstärkenden Rückkopplungsprozess aus Erwärmung und Freisetzung von Treibhausgasen führen. Submariner Permafrost umfasst den größten Teil des Ostsibirischen Arktisschelfs und enthält ein großes, wenn auch nicht quantifiziertes Kohlenstoffreservoir. Der submarine Permafrost wird jedoch nicht nur durch Veränderungen des Wärmehaushalts beeinflusst, sondern auch durch drastische Veränderungen in der geochemischen Zusammensetzung. Durch den holozänen Meeresspiegelanstieg und durch Küstenerosion wurde der unter terrestrischen Bedingungen gebildete Permafrost überflutet. Ein Eindringen von Meerwasser führte in den Permafrostsedimenten zu einem Anstieg der Porenwasser-Salinität und dadurch zum Tauen des Permafrosts in den oberen Schichten, sogar bei Temperaturen unter 0 °C. Tiefer liegende Permafrostsedimente, die (noch) nicht vom Meerwasser beeinflusst wurden, blieben eis-gebunden, aber begannen sich durch den Wärmestrom des Meerwassers zu erwärmen. Das Ziel dieser Dissertation war es, die mikrobiellen Gemeinschaften in submarinem Permafrost zu untersuchen. Der Fokus lag dabei auf der Reaktion der Gemeinschaften auf den Einfluss des Meerwassers und die Langzeiterwärmung. Die Arbeit nutzt dafür einen kombinierten Ansatz aus molekularbiologischen und physikochemischen Analysen. Die mikrobielle Abundanz, Gemeinschaftszusammensetzung und -struktur sowie die Diversität wurden in Sedimentbohrkernen zweier Standorte in der Laptew See untersucht, welche seit Jahrhunderten bis Jahrtausenden submarinen Bedingungen ausgesetzt waren. Die mikrobielle Abundanz wurde mit Hilfe von Zellzahlen und Kopienzahlen des 16S rRNA Gens sowie funktioneller Gene bestimmt, die kennzeichnend für die Methanproduktion (mcrA) und Sulfatreduktion (dsrB) sind. Die mikrobielle Gemeinschaft wurde mit Hilfe der Hochdurchsatz-Sequenzierung des 16S rRNA Gens charakterisiert. Physikochemische Analysen beinhalteten die Untersuchung der geochemischen Zusammensetzung der Porenwassers und der stabilen Wasserisotopen. Beide Zusammensetzungen wurden genutzt, um den Grad des Meerwassereinflusses auf die Permafrostsedimente zu beschreiben. Ein Hauptergebnis der Arbeit ist, dass sich submariner Permafrost sowohl nach Jahrhunderten als auch nach Jahrtausenden der Überflutung in verschiedene Schichten, sogenannte Porenwassereinheiten, unterteilen lässt: (i) Sedimente, die sich mit dem Meeresboden vermischt haben, (ii) Sedimente, die vom Meerwasser infiltriert wurden und (iii) Sedimente, die vom Meerwasser unbeeinflusst sind. Diese Schichtenbildung spiegelt sich erst nach jahrtausendelanger Überflutung auch in der mikrobiellen Gemeinschaftszusammensetzung wider, nicht jedoch nach Jahrhunderten. Änderungen sowohl in der Gemeinschaftszusammensetzung als auch in der Abundanz wurden als Maß für mikrobielle Aktivität und die mikrobielle Reaktion auf die sich ändernden thermischen und geochemischen Bedingungen genutzt. Die Ergebnisse wurden im Kontext von Permafrosttemperatur, Porenwasserzusammensetzung, paleoklimatischen Proxys und dem Sedimentalter diskutiert. Die Kombination aus Permafrosterwärmung und steigender Salinität, sowie die Permafrosterwärmung allein, resultierten auf Zeitskalen von Jahrhunderten in einer Störung der mikrobiellen Gemeinschaft. Dies drückte sich durch einen Verlust der mikrobiellen Abundanz und der bakteriellen Diversität aus. Gleichzeitig wurde die bakterielle Gemeinschaft im vom Meerwasser unbeeinflussten, aber erwärmten Permafrost hauptsächlich durch die Umweltbedingungen und das Klima zur Zeit der Sedimentablagerung geprägt. Ein stimulierender Einfluss der Erwärmung konnte im vom Meerwasser unbeeinflussten Permafrost erst nach jahrtausendelanger Überflutung beobachtet werden. Dies wurde durch einen Anstieg in der mikrobiellen Abundanz und einer Abnahme der organischen Substrate sichtbar. Obwohl die bakteriellen Gemeinschaften des Permafrostes submarinen Bedingungen für Jahrhunderte bis Jahrtausende ausgesetzt waren, unterschieden sie sich kaum von den Gemeinschaften im terrestrischen Permafrost. Die Gemeinschaft des submarinen Permafrosts wurde von Phyla wie Actinobacteria, Chloroflexi, Firmicutes, Gemmatimonadetes und Proteobacteria dominiert, welche auch unter gefrorenen Bedingungen aktiv sein können. Darüber hinaus enthielten die archaellen Gemeinschaften an beiden Standorten eine hohe Anzahl von marinen und terrestrischen anaerob methan-oxidierenden Archaeen (ANME), bei denen eine Aktivität unter in situ Bedingungen bei Minusgraden angenommen wird. Eine Modellierung zeigte, dass die anaerobe Oxidation von Methan (AOM) potenziell fast die gesamte Menge des gespeicherten und mikrobiell produzierten Methans in tauendem submarinem Permafrost reduzieren könnte. Die Ergebnisse der Arbeit deuten darauf hin, dass das Tauen von Permafrost unter submarinen Bedingungen sowie eine Erwärmung ohne Tauen marginale Effekte auf die Abundanz und Zusammensetzung der mikrobiellen Gemeinschaften und somit wahrscheinlich auch auf die Mobilisierung von Kohlenstoff in Form von Methan hat. Das Tauen unter submarinen Bedingungen stimuliert sogar AOM und reduziert somit den Ausstoß von Methan.