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Managing the Computational Chemistry Big Data Problem: The ioChem-BD Platform (2014)

M. Álvarez-Moreno, C. de Graaf, N. López, F. Maseras, J. M. Poblet and C. Bo

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-12-17

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500593j

Thema: Chemie und Pharmazie

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Structure–Function Analysis of the Conserved Tyrosine and Diverse π-Stacking among Class I Histone Deacetylases: A QM (DFT)/MM MD Study (2014)

Jingwei Zhou, Hujun Xie, Zhihong Liu, Hai-Bin Luo and Ruibo Wu

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-11-07

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500513n

Thema: Chemie und Pharmazie

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Experimental and Computational Prediction of Glass Transition Temperature of Drugs (2014)

Ahmad Alzghoul, Amjad Alhalaweh, Denny Mahlin and Christel A. S. Bergström

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-12-02

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci5004834

Thema: Chemie und Pharmazie

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Investigation of the Use of Spectral Clustering for the Analysis of Molecular Data (2014)

Sonny Gan, David A. Cosgrove, Eleanor J. Gardiner and Valerie J. Gillet

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-12-03

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500480b

Thema: Chemie und Pharmazie

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VSViewer3D: A Tool for Interactive Data Mining of Three-Dimensional Virtual Screening Data (2014)

Kyle I. Diller and David J. Diller

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-12-05

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500532j

Thema: Chemie und Pharmazie

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Exploiting Conformational Dynamics in Drug Discovery: Design of C-Terminal Inhibitors of Hsp90 with Improved Activities (2014)

Elisabetta Moroni, Huiping Zhao, Brian S. J. Blagg and Giorgio Colombo

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-01-16

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci4005767

Thema: Chemie und Pharmazie

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Comparison of Resonance Assisted and Charge Assisted Effects in Strengthening of Hydrogen Bonds in Dipyrrins (2014)

Jarosław J. Panek, Aneta Jezierska-Mazzarello, Paweł Lipkowski, Agata Martyniak and Aleksander Filarowski

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-01-16

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci400091f

Thema: Chemie und Pharmazie

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ALFA: Automatic Ligand Flexibility Assignment (2014)

Javier Klett, Álvaro Cortés-Cabrera, Rubén Gil-Redondo, Federico Gago and Antonio Morreale

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-01-16

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci400453n

Thema: Chemie und Pharmazie

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Protein Structure Refinement of CASP Target Proteins Using GNEIMO Torsional Dynamics Method (2014)

Adrien B. Larsen, Jeffrey R. Wagner, Abhinandan Jain and Nagarajan Vaidehi

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-01-17

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci400484c

Thema: Chemie und Pharmazie

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Prediction of New Bioactive Molecules using a Bayesian Belief Network (2014)

Ammar Abdo, Valérie Leclère, Philippe Jacques, Naomie Salim and Maude Pupin

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-01-17

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci4004909

Thema: Chemie und Pharmazie

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“Social” Network of Isomers Based on Bond Count Distance: Algorithms (2014)

Tina M. Kouri, Mahendra Awale, James K. Slyby, Jean-Louis Reymond and Dinesh P. Mehta

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-01-15

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci4005173

Thema: Chemie und Pharmazie

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De Novo Design of Drug-Like Molecules by a Fragment-Based Molecular Evolutionary Approach (2014)

Kentaro Kawai, Naoya Nagata and Yoshimasa Takahashi

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-01-15

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci400418c

Thema: Chemie und Pharmazie

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Large-Scale Assessment of Activity Landscape Feature Probabilities of Bioactive Compounds (2014)

Shilva Kayastha, Dilyana Dimova, Preeti Iyer, Martin Vogt and Jürgen Bajorath

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-01-22

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci400677b

Thema: Chemie und Pharmazie

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Ligand Binding Mode Prediction by Docking: Mdm2/Mdmx Inhibitors as a Case Study (2014)

Nagakumar Bharatham, Kavitha Bharatham, Anang A. Shelat and Donald Bashford

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-01-22

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci4004656

Thema: Chemie und Pharmazie

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Dihedral-Based Segment Identification and Classification of Biopolymers II: Polynucleotides (2014)

Gabor Nagy and Chris Oostenbrink

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-01-11

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci400542n

Thema: Chemie und Pharmazie

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Context-Based Features Enhance Protein Secondary Structure Prediction Accuracy (2014)

Ashraf Yaseen and Yaohang Li

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-03-13

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci400647u

Thema: Chemie und Pharmazie

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Neighborhood-Based Prediction of Novel Active Compounds from SAR Matrices (2014)

Disha Gupta-Ostermann, Veerabahu Shanmugasundaram and Jürgen Bajorath

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-03-13

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci5000483

Thema: Chemie und Pharmazie

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Pharmacophore-Based Screening and Identification of Novel Human Ligase I Inhibitors with Potential Anticancer Activity (2014)

Shagun Krishna, Deependra Kumar Singh, Sanjeev Meena, Dipak Datta, Mohammad Imran Siddiqi and Dibyendu Banerjee

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-03-14

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci5000032

Thema: Chemie und Pharmazie

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CHARMM-GUI PACE CG Builder for Solution, Micelle, and Bilayer Coarse-Grained Simulations (2014)

Yifei Qi, Xi Cheng, Wei Han, Sunhwan Jo, Klaus Schulten and Wonpil Im

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-03-14

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500007n

Thema: Chemie und Pharmazie

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Inhibitor Design Strategy Based on an Enzyme Structural Flexibility: A Case of Bacterial MurD Ligase (2014)

Andrej Perdih, Martina Hrast, Hélène Barreteau, Stanislav Gobec, Gerhard Wolber and Tom Solmajer

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-04-29

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500104m

Thema: Chemie und Pharmazie

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Combination of Genetic Screening and Molecular Dynamics as a Useful Tool for Identification of Disease-Related Mutations: ZASP PDZ Domain G54S Mutation Case (2014)

Filip Fratev, Elina Mihaylova and Ilza Pajeva

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-04-29

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci5001136

Thema: Chemie und Pharmazie

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Identification and Validation of Novel PERK Inhibitors (2014)

Qiantao Wang, Jihyun Park, Ashwini K. Devkota, Eun Jeong Cho, Kevin N. Dalby and Pengyu Ren

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-05-07

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500114r

Thema: Chemie und Pharmazie

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Hsp90 Inhibitors, Part 1: Definition of 3-D QSAutogrid/R Models as a Tool for Virtual Screening (2014)

Flavio Ballante, Antonia Caroli, Richard B. Wickersham and Rino Ragno

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-03-05

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci400759t

Thema: Chemie und Pharmazie

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Hsp90 Inhibitors, Part 2: Combining Ligand-Based and Structure-Based Approaches for Virtual Screening Application (2014)

Antonia Caroli, Flavio Ballante, Richard B. Wickersham, Federico Corelli and Rino Ragno

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-03-05

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci400760a

Thema: Chemie und Pharmazie

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De Novo Design of Multitarget Ligands with an Iterative Fragment-Growing Strategy (2014)

Erchang Shang, Yaxia Yuan, Xinyi Chen, Ying Liu, Jianfeng Pei and Luhua Lai

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-03-20

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500021v

Thema: Chemie und Pharmazie

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OriginPro 9.1: Scientific Data Analysis and Graphing SoftwareSoftware Review (2014)

E. Seifert

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-04-26

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500161d

Thema: Chemie und Pharmazie

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SVM Classification and CoMSIA Modeling of UGT1A6 Interacting Molecules (2014)

Leo Ghemtio, Anne Soikkeli, Marjo Yliperttula, Jouni Hirvonen, Moshe Finel and Henri Xhaard

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-03-20

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci400577a

Thema: Chemie und Pharmazie

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Quality Matters: Extension of Clusters of Residues with Good Hydrophobic Contacts Stabilize (Hyper)Thermophilic Proteins (2014)

Prakash Chandra Rathi, Hans Wolfgang Höffken and Holger Gohlke

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-01-30

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci400568c

Thema: Chemie und Pharmazie

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LIBSA – A Method for the Determination of Ligand-Binding Preference to Allosteric Sites on Receptor Ensembles (2014)

Harrison J. Hocker, Nandini Rambahal and Alemayehu A. Gorfe

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-01-31

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci400474u

Thema: Chemie und Pharmazie

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Quantum Mechanical/Molecular Mechanical Study of Catalytic Mechanism and Role of Key Residues in Methylation Reactions Catalyzed by Dimethylxanthine Methyltransferase in Caffeine Biosynthesis (2014)

Yufei Yue and Hong Guo

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-01-31

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci400640v

Thema: Chemie und Pharmazie

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Composition and Topology of Activity Cliff Clusters Formed by Bioactive Compounds (2014)

Dagmar Stumpfe, Dilyana Dimova and Jürgen Bajorath

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-01-31

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci400728r

Thema: Chemie und Pharmazie

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Does a More Precise Chemical Description of Protein–Ligand Complexes Lead to More Accurate Prediction of Binding Affinity? (2014)

Pedro J. Ballester, Adrian Schreyer and Tom L. Blundell

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-02-22

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500091r

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Pharmacophore-Based Virtual Screening and Experimental Validation of Novel Inhibitors against Cyanobacterial Fructose-1,6-/Sedoheptulose-1,7-bisphosphatase (2014)

Yao Sun, Rui Zhang, Ding Li, Lingling Feng, Di Wu, Lina Feng, Peipei Huang, Yanliang Ren, Jiang; Tao Feng, San Xiao and Jian Wan

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-02-23

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci4007529

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Correction to Modules Identification in Protein Structures: The Topological and Geometrical Solutions (2014)

Setareh Tasdighian, Luisa Di Paola, Micol De Ruvo, Paola Paci, Daniele Santoni, Pasquale Palumbo, Giampiero Mei, Almerinda Di Venere and Alessandro Giuliani

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-02-23

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500063b

Thema: Chemie und Pharmazie

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ANN Multiscale Model of Anti-HIV Drugs Activity vs AIDS Prevalence in the US at County Level Based on Information Indices of Molecular Graphs and Social Networks (2014)

Humberto González-Díaz, Diana María Herrera-Ibatá, Aliuska Duardo-Sánchez, Cristian R. Munteanu, Ricardo Alfredo Orbegozo-Medina and Alejandro Pazos

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-02-23

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci400716y

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Identification of Novel Serotonin Transporter Compounds by Virtual Screening (2014)

Mari Gabrielsen, Rafał Kurczab, Agata Siwek, Małgorzata Wolak, Aina W. Ravna, Kurt Kristiansen, Irina Kufareva, Ruben Abagyan, Gabriel Nowak, Zdzisław Chilmonczyk, Ingebrigt Sylte and Andrzej J. Bojarski

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-02-27

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci400742s

Thema: Chemie und Pharmazie

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How Important Is the Synclinal Conformation of Sulfonylureas To Explain the Inhibition of AHAS: A Theoretical Study (2014)

Gonzalo A. Jaña, Eduardo J. Delgado and Fabiola E. Medina

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-02-27

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci400721y

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HADDOCK2P2I: A Biophysical Model for Predicting the Binding Affinity of Protein–Protein Interaction Inhibitors (2014)

Panagiotis L. Kastritis, João P. G. L. M. Rodrigues and Alexandre M. J. J. Bonvin

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-02-28

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci4005332

Thema: Chemie und Pharmazie

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Elucidating Substrate Promiscuity in the Human Cytochrome 3A4 (2014)

Christina Hayes, Daniel Ansbro and Maria Kontoyianni

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-02-28

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci4006782

Thema: Chemie und Pharmazie

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QSAR Modeling of Imbalanced High-Throughput Screening Data in PubChem (2014)

Alexey V. Zakharov, Megan L. Peach, Markus Sitzmann and Marc C. Nicklaus

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-03-01

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci400737s

Thema: Chemie und Pharmazie

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Structure Based Design, Synthesis, Pharmacophore Modeling, Virtual Screening, and Molecular Docking Studies for Identification of Novel Cyclophilin D Inhibitors (2014)

Koteswara Rao Valasani, Jhansi Rani Vangavaragu, Victor W. Day and Shirley Shi; Du Yan

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-03-01

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci5000196

Thema: Chemie und Pharmazie

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Electronic Structure Investigation and Parametrization of Biologically Relevant Iron–Sulfur Clusters (2014)

Alexandra T. P. Carvalho and Marcel Swart

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-02-08

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci400718m

Thema: Chemie und Pharmazie

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Application of Quantitative Structure–Activity Relationship Models of 5-HT1A Receptor Binding to Virtual Screening Identifies Novel and Potent 5-HT1A Ligands (2014)

Man Luo, Xiang Simon Wang, Bryan L. Roth, Alexander Golbraikh and Alexander Tropsha

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-02-13

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci400460q

Thema: Chemie und Pharmazie

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Flexibility and Explicit Solvent in Molecular-Dynamics-Based Docking of Protein–Glycosaminoglycan Systems (2014)

Sergey A. Samsonov, Jan-Philip Gehrcke and M. Teresa Pisabarro

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-02-13

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci4006047

Thema: Chemie und Pharmazie

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A New Approach to Radial Basis Function Approximation and Its Application to QSAR (2014)

Alexey V. Zakharov, Megan L. Peach, Markus Sitzmann and Marc C. Nicklaus

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-03-01

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci400704f

Thema: Chemie und Pharmazie

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Global Quantitative Structure–Activity Relationship Models vs Selected Local Models as Predictors of Off-Target Activities for Project Compounds (2014)

Robert P. Sheridan

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-03-27

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500084w

Thema: Chemie und Pharmazie

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A Cooperative Mechanism of Clotrimazoles in P450 Revealed by the Dissociation Picture of Clotrimazole from P450 (2014)

Mian Wang, Marc Baaden, Jianyi Wang and Zhiqun Liang

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-03-27

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci400660e

Thema: Chemie und Pharmazie

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Novel Mycosin Protease MycP1 Inhibitors Identified by Virtual Screening and 4D Fingerprints (2014)

Adel Hamza, Jonathan M. Wagner, Timothy J. Evans, Mykhaylo S. Frasinyuk, Stefan Kwiatkowski, Chang-Guo Zhan, David S. Watt and Konstantin V. Korotkov

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-03-28

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500025r

Thema: Chemie und Pharmazie

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Quantitative Structure–Activity Relationship Models of Chemical Transformations from Matched Pairs Analyses (2014)

Jeremy M. Beck and Clayton Springer

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-04-01

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500012n

Thema: Chemie und Pharmazie

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β-Amyloid and Neprilysin Computational Studies Identify Critical Residues Implicated in Binding Specificity (2014)

Darrick Pope, Jeffry D. Madura and Michael Cascio

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-04-02

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500015m

Thema: Chemie und Pharmazie

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Key Binding and Susceptibility of NS3/4A Serine Protease Inhibitors against Hepatitis C Virus (2014)

Arthitaya Meeprasert, Supot Hannongbua and Thanyada Rungrotmongkol

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-04-02

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci400605a

Thema: Chemie und Pharmazie

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Computational Comparison of Imidazoline Association with the I2 Binding Site in Human Monoamine Oxidases (2014)

Livia Basile, Matteo Pappalardo, Salvatore Guccione, Danilo Milardi and Rona R. Ramsay

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-04-03

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci400346k

Thema: Chemie und Pharmazie

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Endocrine DisruptomeAn Open Source Prediction Tool for Assessing Endocrine Disruption Potential through Nuclear Receptor Binding (2014)

Katra Kolšek, Janez Mavri, Marija Sollner Dolenc, Stanislav Gobec and Samo Turk

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-04-03

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci400649p

Thema: Chemie und Pharmazie

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Conformational Preferences of Modified Uridines: Comparison of AMBER Derived Force Fields (2014)

Indrajit Deb, Joanna Sarzynska, Lennart Nilsson and Ansuman Lahiri

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-04-04

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci400582a

Thema: Chemie und Pharmazie

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Looking Back to the Future: Predicting in Vivo Efficacy of Small Molecules versus Mycobacterium tuberculosis (2014)

Sean Ekins, Richard Pottorf, Robert C. Reynolds, Antony J. Williams, Alex M. Clark and Joel S. Freundlich

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-04-04

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500077v

Thema: Chemie und Pharmazie

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Identification of Novel Potential Antibiotics against Staphylococcus Using Structure-Based Drug Screening Targeting Dihydrofolate Reductase (2014)

Maiko Kobayashi, Tomohiro Kinjo, Yuji Koseki, Christina R. Bourne, William W. Barrow and Shunsuke Aoki

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-04-04

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci400686d

Thema: Chemie und Pharmazie

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Computational Approaches Elucidate the Allosteric Mechanism of Human Aromatase Inhibition: A Novel Possible Route to Small-Molecule Regulation of CYP450s Activities? (2014)

Jacopo Sgrignani, Marta Bon, Giorgio Colombo and Alessandra Magistrato

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-09-17

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500425y

Thema: Chemie und Pharmazie

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Digital Data Repositories in Chemistry and Their Integration with Journals and Electronic Notebooks (2014)

Matthew J. Harvey, Nicholas J. Mason and Henry S. Rzepa

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-09-17

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500302p

Thema: Chemie und Pharmazie

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Extensive Consensus Docking Evaluation for Ligand Pose Prediction and Virtual Screening Studies (2014)

Tiziano Tuccinardi, Giulio Poli, Veronica Romboli, Antonio Giordano and Adriano Martinelli

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-09-19

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500424n

Thema: Chemie und Pharmazie

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Ligand Efficiency-Based Support Vector Regression Models for Predicting Bioactivities of Ligands to Drug Target Proteins (2014)

Nobuyoshi Sugaya

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-09-23

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci5003262

Thema: Chemie und Pharmazie

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Truncated Variants of the GCN4 Transcription Activator Protein Bind DNA with Dramatically Different Dynamical Motifs (2014)

Danielle M. McHarris and Daniel A. Barr

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-09-23

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500448e

Thema: Chemie und Pharmazie

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A General Sequence Processing and Analysis Program for Protein Engineering (2014)

Ryan L. Stafford, Erik S. Zimmerman, Trevor J. Hallam and Aaron K. Sato

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-10-04

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500362s

Thema: Chemie und Pharmazie

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Unbekannt

Analysis of Factors Influencing Hydration Site Prediction Based on Molecular Dynamics Simulations (2014)

Ying Yang, Bingjie Hu and Markus A. Lill

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-10-08

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500426q

Thema: Chemie und Pharmazie

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Macrocycle Conformational Sampling with MacroModel (2014)

K. Shawn Watts, Pranav Dalal, Andrew J. Tebben, Daniel L. Cheney and John C. Shelley

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-10-07

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci5001696

Thema: Chemie und Pharmazie

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Perturbation of Fluid Dynamics Properties of Water Molecules during G Protein-Coupled Receptor–Ligand Recognition: The Human A2A Adenosine Receptor as a Key Study (2014)

Davide Sabbadin, Antonella Ciancetta and Stefano Moro

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-10-07

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500397y

Thema: Chemie und Pharmazie

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Improving Trichoderma reesei Cel7B Thermostability by Targeting the Weak Spots (2014)

Shujun Zhang, Yefei Wang, Xiangfei Song, Jingbo Hong, Yu Zhang and Lishan Yao

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-10-07

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500339v

Thema: Chemie und Pharmazie

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Unbekannt

Combining Ligand- and Structure-Based Approaches for the Discovery of New Inhibitors of the EPHA2–ephrin-A1 Interaction (2014)

Daniele Pala, Riccardo Castelli, Matteo Incerti, Simonetta Russo, Massimiliano Tognolini, Carmine Giorgio, Iftiin Hassan-Mohamed, Ilaria Zanotti, Federica Vacondio, Silvia Rivara, Marco Mor and Alessio Lodola

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-10-09

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci5004619

Thema: Chemie und Pharmazie

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Unbekannt

Application of the 4D Fingerprint Method with a Robust Scoring Function for Scaffold-Hopping and Drug Repurposing Strategies (2014)

Adel Hamza, Jonathan M. Wagner, Ning-Ning Wei, Stefan Kwiatkowski, Chang-Guo Zhan, David S. Watt and Konstantin V. Korotkov

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-10-09

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci5003872

Thema: Chemie und Pharmazie

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Unbekannt

OOMMPPAA: A Tool To Aid Directed Synthesis by the Combined Analysis of Activity and Structural Data (2014)

Anthony R. Bradley, Ian D. Wall, Darren V. S. Green, Charlotte M. Deane and Brian D. Marsden

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-10-10

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500245d

Thema: Chemie und Pharmazie

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Importance of the Pharmacological Profile of the Bound Ligand in Enrichment on Nuclear Receptors: Toward the Use of Experimentally Validated Decoy Ligands (2014)

Nathalie Lagarde, Jean-François Zagury and Matthieu Montes

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-10-10

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500305c

Thema: Chemie und Pharmazie

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Design of Novel Rho Kinase Inhibitors Using Energy Based Pharmacophore Modeling, Shape-Based Screening, in Silico Virtual Screening, and Biological Evaluation (2014)

Ram Kumar Mishra, Reshma Alokam, Sarthak Mohan Singhal, Geethasai Srivathsav, Dharamarajan Sriram, Neerja Kaushik-Basu, Dinesh Manvar and Perumal Yogeeswari

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-10-10

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci5004703

Thema: Chemie und Pharmazie

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Discovery of Inhibitors of Schistosoma mansoni HDAC8 by Combining Homology Modeling, Virtual Screening, and in Vitro Validation (2014)

Srinivasaraghavan Kannan, Jelena Melesina, Alexander-Thomas Hauser, Alokta Chakrabarti, Tino Heimburg, Karin Schmidtkunz, Alexandra Walter, Martin Marek, Raymond J. Pierce, Christophe Romier, Manfred Jung and Wolfgang Sippl

American Chemical Society (ACS)

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Publikationsdatum: 2014-10-03

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci5004653

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Ligand-Based Target Prediction with Signature Fingerprints (2014)

Jonathan Alvarsson, Martin Eklund, Ola Engkvist, Ola Spjuth, Lars Carlsson, Jarl E. S. Wikberg and Tobias Noeske

American Chemical Society (ACS)

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Publikationsdatum: 2014-10-04

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500361u

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Computational Prediction and Validation of an Expert’s Evaluation of Chemical Probes (2014)

Nadia K. Litterman, Christopher A. Lipinski, Barry A. Bunin and Sean Ekins

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-10-08

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500445u

Thema: Chemie und Pharmazie

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BFMP: A Method for Discretizing and Visualizing Pyranose Conformations (2014)

Spandana Makeneni, B. Lachele Foley and Robert J. Woods

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-10-09

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500325b

Thema: Chemie und Pharmazie

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Computational Derivation of Structural Alerts from Large Toxicology Data Sets (2014)

Ernst Ahlberg, Lars Carlsson and Scott Boyer

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-10-14

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500314a

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Improving the Use of Ranking in Virtual Screening against HIV-1 Integrase with Triangular Numbers and Including Ligand Profiling with Antitargets (2014)

Alfonso T. García-Sosa and Uko Maran

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-10-25

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500300u

Thema: Chemie und Pharmazie

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Unbinding Pathways of VEGFR2 Inhibitors Revealed by Steered Molecular Dynamics (2014)

Anna Maria Capelli and Gabriele Costantino

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-10-25

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500527j

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NMR Spectroscopy-Based Metabolic Profiling of Drug-Induced Changes In Vitro Can Discriminate between Pharmacological Classes (2014)

Obaid Aftab, Mikael K. R. Engskog, Jakob Haglöf, Albert Elmsjö, Torbjörn Arvidsson, Curt Pettersson, Ulf Hammerling and Mats G. Gustafsson

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-11-01

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500502f

Thema: Chemie und Pharmazie

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Serendipitous Discovery of Short Peptides from Natural Products as Tyrosinase Inhibitors (2014)

Nai-Wan Hsiao, Tien-Sheng Tseng, Yu-Ching Lee, Wang-Chuan Chen, Hui-Hsiung Lin, Yun-Ru Chen, Yeng-Tseng Wang, Hung-Ju Hsu and Keng-Chang Tsai

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-11-01

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500370x

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DMG-αA Computational Geometry Library for Multimolecular Systems (2014)

Robert Szczelina and Krzysztof Murzyn

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-11-01

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500273s

Thema: Chemie und Pharmazie

Publiziert von American Chemical Society (ACS)

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Structural Insights into Trapping and Dissociation of Small Molecules in K+ Channels (2014)

Tobias Linder, Priyanka Saxena, Eugen Timin, Steffen Hering and Anna Stary-Weinzinger

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-10-22

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500353r

Thema: Chemie und Pharmazie

Publiziert von American Chemical Society (ACS)

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Toward On-The-Fly Quantum Mechanical/Molecular Mechanical (QM/MM) Docking: Development and Benchmark of a Scoring Function (2014)

Prasad Chaskar, Vincent Zoete and Ute F. Röhrig

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-10-24

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci5004152

Thema: Chemie und Pharmazie

Publiziert von American Chemical Society (ACS)

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Structure and Ligand-Based Design of mTOR and PI3-Kinase Inhibitors Leading to the Clinical Candidates VS-5584 (SB2343) and SB2602 (2014)

Anders Poulsen, Harish Nagaraj, Angeline Lee, Stéphanie Blanchard, Chang Kai Soh, Dizhong Chen, Haishan Wang, Stefan Hart, Kee Chuan Goh, Brian Dymock and Meredith Williams

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-10-25

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500493m

Thema: Chemie und Pharmazie

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Benchmarking Study of Parameter Variation When Using Signature Fingerprints Together with Support Vector Machines (2014)

Jonathan Alvarsson, Martin Eklund, Claes Andersson, Lars Carlsson, Ola Spjuth and Jarl E. S. Wikberg

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-10-30

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500344v

Thema: Chemie und Pharmazie

Publiziert von American Chemical Society (ACS)

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Structure–Activity Relationships of a Novel Capsid Targeted Inhibitor of HIV-1 Replication (2014)

Sandhya Kortagere, Jimmy P. Xu, Marie K. Mankowski, Roger G. Ptak and Simon Cocklin

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-10-30

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500437r

Thema: Chemie und Pharmazie

Publiziert von American Chemical Society (ACS)

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Docking Ligands into Flexible and Solvated Macromolecules. 7. Impact of Protein Flexibility and Water Molecules on Docking-Based Virtual Screening Accuracy (2014)

Eric Therrien, Nathanael Weill, Anna Tomberg, Christopher R. Corbeil, Devin Lee and Nicolas Moitessier

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-10-30

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500299h

Thema: Chemie und Pharmazie

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Influence of Search Parameters and Criteria on Compound Selection, Promiscuity, and Pan Assay Interference Characteristics (2014)

Ye Hu and Jürgen Bajorath

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-11-01

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci5005509

Thema: Chemie und Pharmazie

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Performance of Protein–Ligand Docking with Simulated Chemical Shift Perturbations (2014)

Tim ten Brink, Clémentine Aguirre, Thomas E. Exner and Isabelle Krimm

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-11-01

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500446s

Thema: Chemie und Pharmazie

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Extraction of Protein Binding Pockets in Close Neighborhood of Bound Ligands Makes Comparisons Simple Due to Inherent Shape Similarity (2014)

Timo Krotzky, Thomas Rickmeyer, Thomas Fober and Gerhard Klebe

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-11-09

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500553a

Thema: Chemie und Pharmazie

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Exploring Protein Kinase Conformation Using Swarm-Enhanced Sampling Molecular Dynamics (2014)

Alessio Atzori, Neil J. Bruce, Kepa K. Burusco, Berthold Wroblowski, Pascal Bonnet and Richard A. Bryce

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-09-18

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci5003334

Thema: Chemie und Pharmazie

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Prediction of Compound Potency Changes in Matched Molecular Pairs Using Support Vector Regression (2014)

Antonio de la Vega de León and Jürgen Bajorath

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-09-18

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci5003944

Thema: Chemie und Pharmazie

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Structure-Based Virtual Screening of the Nociceptin Receptor: Hybrid Docking and Shape-Based Approaches for Improved Hit Identification (2014)

Pankaj R. Daga, Willma E. Polgar and Nurulain T. Zaveri

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-09-19

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500291a

Thema: Chemie und Pharmazie

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Experimentally Validated hERG Pharmacophore Models as Cardiotoxicity Prediction Tools (2014)

Jadel M. Kratz, Daniela Schuster, Michael Edtbauer, Priyanka Saxena, Christina E. Mair, Julia Kirchebner, Barbara Matuszczak, Igor Baburin, Steffen Hering and Judith M. Rollinger

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-09-20

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci5001955

Thema: Chemie und Pharmazie

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Molecular Modeling of Potential Anticancer Agents from African Medicinal Plants (2014)

Fidele Ntie-Kang, Justina Ngozi Nwodo, Akachukwu Ibezim, Conrad Veranso Simoben, Berin Karaman, Valery Fuh Ngwa, Wolfgang Sippl, Michael Umale Adikwu and Luc Meva’a Mbaze

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-08-26

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci5003697

Thema: Chemie und Pharmazie

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Introduction of a Methodology for Visualization and Graphical Interpretation of Bayesian Classification Models (2014)

Jenny Balfer and Jürgen Bajorath

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-08-28

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500410g

Thema: Chemie und Pharmazie

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Assessing an Ensemble Docking-Based Virtual Screening Strategy for Kinase Targets by Considering Protein Flexibility (2014)

Sheng Tian, Huiyong Sun, Peichen Pan, Dan Li, Xuechu Zhen, Youyong Li and Tingjun Hou

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-09-30

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500414b

Thema: Chemie und Pharmazie

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AWE-WQ: Fast-Forwarding Molecular Dynamics Using the Accelerated Weighted Ensemble (2014)

Badi’ Abdul-Wahid, Haoyun Feng, Dinesh Rajan, Ronan Costaouec, Eric Darve, Douglas Thain and Jesús A. Izaguirre

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-09-25

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500321g

Thema: Chemie und Pharmazie

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Improving Docking Results via Reranking of Ensembles of Ligand Poses in Multiple X-ray Protein Conformations with MM-GBSA (2014)

P. A. Greenidge, C. Kramer, J.-C. Mozziconacci and W. Sherman

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-10-01

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci5003735

Thema: Chemie und Pharmazie

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Blocked Inverted Indices for Exact Clustering of Large Chemical Spaces (2014)

Philipp Thiel, Lisa Sach-Peltason, Christian Ottmann and Oliver Kohlbacher

American Chemical Society (ACS)

In: Journal of Chemical Information and Modeling

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Publikationsdatum: 2014-09-03

Beschreibung: Journal of Chemical Information and Modeling DOI: 10.1021/ci500150t

Thema: Chemie und Pharmazie

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