The solution conformation and dynamics of biomolecules in the presence of internal motions: The use of jump models for the¹H NMR analysis of relaxation data

Summary

A jump model has been used to obtain motional information from proton relaxation parameters in complex molecular systems in which multiple internal motions are present. The proposed analysis takes into account changes in orientation and magnitude of interproton vectors, due to overall and internal motions. Intrinsic relaxation contributions can be calculated if the probability for each spatial configuration is independently known. From these contributions jump frequencies may be evaluated, yielding information on local molecular mobility.

Riassunto

È stato usato un modello «jump» per ottenere informazioni dinamiche da parametri di rilassamento protonico in sistemi macromolecolari con moti interni multipli. L’analisi proposta tiene conto delle variazioni di orientazione ed intensità dei vettori interprotonici causate dai moti interni e browniani. Possono quindi essere calcolati contributi intrinseci al rilassamento se sono note le probabilità relative a ciascuna configurazione spaziale. Da questi contributi intrinseci possono essere calcolate le frequenze dei «jump» tra le varie configurazioni.

Резюме

Прыжковая модель используется для получения динамической информации из параметров релаксации протонов в сложных молекулярных системах, в которых присутствуют сложные внутренние движения. Предложенный анализ учитывает изменения в ориентациях и величинах векторов между протонами, обусловленные полным и внутренним движениями. Могут быть вычислены вклады внутренней релаксации, если вероятность для каждои пространственной конфигурации является известной. Из этих вкладов могут быть оценены частоты «прыжков» между различными конфигурациями, т.е. получена информация о локальной молекулярной подвижности.