ISSN:
0170-2041
Keywords:
Antamanide, conformation, NMR, MD, X-ray
;
Peptides
;
Chemistry
;
Organic Chemistry
Source:
Wiley InterScience Backfile Collection 1832-2000
Topics:
Chemistry and Pharmacology
Description / Table of Contents:
Die Konformation von AntamanidDie Konformation des cyclischen Decapeptids Antamanid (1) in CDCl3-Lösung wurde NMR-spektroskopisch ermittelt. Zur Bestimmung der stabilsten Gerüstkonformation wurden 40 intra-molekulare Protonenabstände als „constraints“ für das GROMOS molecular dynamics Computerprogramm herangezogen. Die Kernabstände wurden aus NOE-Spektren, die bei 500 MHz und tiefer Temperatur aufgenommen wurden, erhalten. Die MD-Rechnungen zeigten, daß 1 in Lösung bis zu vier verschiedene Konformationen annimmt, die durch Rotation um die Winkel ϕ und ψ der beiden Peptidbindungen zwischen Ala4-Phe5 und Phe9-Phe10 im schnellen Gleichgewicht sind. Die Seitenketten-konformationen wurden mit Hilfe homo- und heteronuklearer Kopplungskonstanten bestimmt. Kohlenstoff-Relaxationszeiten lieferten Informationen über Beweglichkeiten. Drei neue Antamanid-Analoge, in denen jeweils Pro3, Pro7 oder Pro8 durch γ-Thiaprolin (Thz) ersetzt wurde, wurden synthetisiert und aus Aceton/Wasser kristallisiert. Die Röntgenstrukturanalysen dieser Thz-Derivate zeigen kompakte Strukturen, die durch intramolekulare Wasserstoffbrücken zu je vier H2O-Molekülen stabilisiert werden. Die Kristallstrukturen unterscheiden sich von der Antamanid-Konformation in Lösung.
Notes:
The conformation of the cyclic decapeptide antamanide (1) in CDCl3 solution was determined by means of NMR-spectroscopic methods. Distances obtained from 40 negative NOE values at 500 MHz at low temperature were used as constraints in calculations with the GROMOS molecular dynamics program package to elucidate the most stable backbone conformation in solution. It turned out that there is a fast conformational equilibrium between up to four conformations which differ in a flip about ϕ and ψ around the two amide bonds Ala4-Phe5 and Phe9-Phe10. Side chain conformations were determined using homo- and heteronuclear coupling constants. Carbon relaxation times provide information about the internal flexibility of 1. Three new antamanide derivatives in which Pro3, Pro7, or Pro8 have been substituted by γ-thiaproline (Thz) were synthesized and crystallized from acetone/water. The X-ray analyses of these Thz derivatives demonstrate that in the presence of water antamanide adopts a preferred structure which includes four water molecules for building up a compact hydrogen-bonded structure, which differs from the conformation in chloroform sulution.
Additional Material:
12 Ill.
Type of Medium:
Electronic Resource
URL:
http://dx.doi.org/10.1002/jlac.198919890243
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