Publication Date:
2023-07-13
Description:
En la región no codificadora (RNC) del DNA mitocóndrico (mtDNA) se ha informado la razón de substitución intragénica más rápida de la molécula. En este trabajo, caracterizamos las secuencias de la mitad 5’ de la RNC de los haplotipos identificados en las colonias de anidación del suroeste de Cuba de Chelonia mydas y Caretta caretta, teniendo en cuenta el tipo y sentido de sustitución nucleotídica, respecto al haplotipo ancestral y los centros de diversificación determinados dentro de cada linaje. Los haplotipos de C. mydas pertenecieron a un sólo linaje, mientras que en C. caretta a dos. La mayoría de las sustituciones intraespecíficas fueron transiciones, con balance similar entre purinas y pirimidinas, así como entre los sentidos de las sustituciones en relación al camino más parsimonioso respecto al ancestro. El mayor porcentaje de estas sustituciones representaron cambios diagnósticos para C. caretta respecto a C. mydas. Los porcentajes equitativos de transiciones entre purinas y pirimidinas, concuerdan con la abundancia de A y T, y con la predisposición a la conversión de CpG por el alto porcentaje de metilación de C. Chelonia mydas presenta una distribución de mutaciones similar entre los linajes de la cuenca atlántica a diferencia de C. caretta, porque los de esta última no comparten un ancestro común. Por consiguiente, entre estos linajes pueden ocurrir homoplasias y fijarse un mayor número de mutaciones, apareciendo transversiones e indels diagnósticos de linajes en la medida en que aumentan las distancias evolutivas entre éstos.
Description:
Inside mitochondrial DNA (mtDNA), Non Coding Region (NCR) has been reported to have the fastest intragene substitution rate. We considered the type and direction of nucleotide substitution regarding the ancestor haplotype and the diversification centers inside each lineage. sequences of the 5' half from NCR were characterized in identified haplotypes from southwestern Cuba rookeries of Chelonia mydas and Caretta caretta. C. mydas haplotypes only belonged to one lineage, while C. caretta’s belonged to two lineages. Most of the intraspecific substitutions were transitions, with similar balance between purines and pyrimidines, as well as among the substitutions directions in relation to the most parsimonious way regarding the ancestor. A higher percentage of these substitutions represented diagnostic changes for C. caretta compared to C. mydas. Equitatives percentages of transitions between purines and pyrimidines agreed both with the abundance of A and T, and with the bias to the conversion of CpG and, due to the high percentage of metilation of C. C. mydas, showed a similar distribution of mutations among Atlantic basin lineages. On the contrary, C. caretta did not showed the same behavior because their lineages did not share a common ancestor. Consequently, homoplasies may occur among these lineages and a higher number of mutations may be fixed, appearing then lineages´s diagnostic transversions and indels while their evolutionary distances increases.
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Refereed
Keywords:
mtDNA
;
Mutación
;
Caretta caretta
;
Chelonia mydas
;
ASW
;
Cuba
;
Mutations
Repository Name:
AquaDocs
Type:
Journal Contribution
Format:
pp.249-260
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