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  • 1
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    Springer
    Journal of molecular evolution 8 (1976), S. 155-173 
    ISSN: 1432-1432
    Keywords: Self-Complementarity ; Messenger-RNA ; Collagen ; Secondary Structure
    Source: Springer Online Journal Archives 1860-2000
    Topics: Biology
    Notes: Summary The periodic protein collagen is of special interest for the study of the relationship which exists between the structure of a protein and that of its mRNA, because oligopeptides containing glycine, proline (hydroxyproline) and alanine occur with great frequency in it. Collagen is particularly rich in these amino acids, which have codons containing only G and/or C in the obligatory first and second positions. If unlimited choice of codons for all amino acids were to occur, the stretch of mRNA coding for anα-chain should contain about 40% G and 31% C (Bachra et al., 1974). These high values suggest that a considerable degree of secondary structure will occur, unless selective codon use would result in the avoidance of G and C in optional third codon positions. In the present paper putative secondary structure formation in collagen mRNA was studied. This was done by studying the positions and frequencies of hairpin structures which could contain stem sections composed of the coding triplets of the above mentioned amino acids and hairpin sections of 4-40 bases. Calculation of the free energy contributions of such hairpin structures, using published values for the contributions of base-pair stacking, hairpin, bulge and interior loops and also taking into account the possible minimum number of base-pairs required for helix nucleation from a single-strand RNA (3 adjacent AU-pairs or 1 or 2 adjacent GC-pairs) led to the following conclusions. A considerable number of alternative, mutually exclusive hairpins can be constructed. The stability and rate of nucleation of these will be reduced if: 1. G and C were avoided as third bases in the glycine, proline (hydroxyproline) and alanine triplets, 2. the glycine triplet used were preferentially either GGU or GGA and the proline triplet preferentially either CCU or CCA, 3. the alanine triplet did not contain a third base complementary to that used in the opposing glycine or proline triplet. If these conditions were not fulfilled a considerable degree of secondary structure could be expected to be present. Further studies of this kind may yield additional information which could also be useful in chemical work on the sequencing of collagen mRNA.
    Type of Medium: Electronic Resource
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  • 2
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    Springer
    Calcified tissue international 4 (1969), S. 359-365 
    ISSN: 1432-0827
    Keywords: Metals ; Ions ; Buffers ; Calcification
    Source: Springer Online Journal Archives 1860-2000
    Topics: Biology , Medicine , Physics
    Description / Table of Contents: Résumé L'action de divers ions métalliques polyvalents sur les propriétés métastables d'un tampon calcifiable a été étudiée. A des concentrations de 1 μM ou moins, les ions Pb2+, F2+, Fe3+, Cr3+, Bi3+ et Al3+ déstabilisent le tampon. Il semble que les phosphates insolubles formés par ces ions déclanchent la précipitation de l'apatite. L'importance de ces résultats dans l'étiologie des calcifications pathologiques et la calciphylaxie est décrite.
    Abstract: Zusammenfassung Die Wirkung von verschiedenen polyvalenten Metallionen auf die Metastabilität eines Calcifikationspuffers wurde untersucht. Bei Konzentrationen von 1 μM oder weniger wird der Puffer durch Pb2+, Fe2+, Fe2+, Cr3+, Bi3+ und Al3+ entstabilisiert. Die Resultate lassen vermuten, daß unlösliche Phosphate, die mit diesen Ionen entstehen, eine Fällung von Apatit veranlassen. Die Bedeutung dieser Befunde bei pathologischen Verkalkungen und Calciphylaxis werden besprochen.
    Notes: Abstract The effect was studied of various polyvalent metal ions on the metastability of a calcification buffer. At concentration of 1 μM or less, Pb2+, Fe2+, Fe3+, Cr3+, Bi3+ and Al3+ ions were found to destabilize the buffer. The results suggest that insoluble phosphates formed by these ions initiate the precipitation of calcium apatite. The implications of these findings to pathological calcification and calciphylaxis are discussed.
    Type of Medium: Electronic Resource
    Location Call Number Expected Availability
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  • 3
    Electronic Resource
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    Springer
    Calcified tissue international 2 (1968), S. 7-7 
    ISSN: 1432-0827
    Source: Springer Online Journal Archives 1860-2000
    Topics: Biology , Medicine , Physics
    Type of Medium: Electronic Resource
    Location Call Number Expected Availability
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  • 4
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    Springer
    Calcified tissue international 3 (1969), S. 348-357 
    ISSN: 1432-0827
    Keywords: Inhibitors ; Nucleation ; Apatite ; Collagen
    Source: Springer Online Journal Archives 1860-2000
    Topics: Biology , Medicine , Physics
    Description / Table of Contents: Résumé Des ions de Mg, Sr et F sont inhibitoires pour la formation de l'apatite quand on les ajoute à un tampon de calcification, séparément ou en combinaisons. La précipitation de l'apatite causée par des cristaux d'apatite est moins sensible à l'action inhibitrice que la nucléation spontanée et que la précipitation catalysée par la collagène d'os de mouton. La précipitation spontanée ou catalysée sont approximativement aussi sensibles. L'inhibition par des combinaisons de Mg avec des ions de Sr ou de F est additive. Ces résultats montrent que ces inhibiteurs ont acucune action spécifique sur la catalysation par la collagène de l'os de mouton qui soit différente de celle sur la nucléation de l'apatite en soi.
    Abstract: Zusammenfassung Mg, Sr und F Ionen hemmten die Fällung von Apatit wenn sie zu einem Calciumphosphatpuffer einzeln oder zusammen hinzugefügt wurden. Die Fällung von Apatit durch Apatitkeime war weniger empfindlich hinsichtlich der Hemmung als die spontane Nucleation und als die Fällung von Apatit, welche von Schafsknochenkollagen katalysiert werden kann. Die spontane und katalysierte Fällung sind ungefähr gleich empfindlich. Die Hemmung von Mg in Kombination mit Sr oder F Ionen war additiv. Diese Resultate weisen darauf hin, daß keine spezifischen Effekte bei der Katalyse von Knochenkollagen vorliegen, welche von den Effekten bei der Nucleation von Apatit an sich verschieden sind.
    Notes: Abstract Mg, Sr and F ions acted as inhibitors of apatite formation when added to a calcification buffer separately or in combinations. The precipitation of apatite under the influence of apatite seeds was less susceptible to inhibition than were spontaneous nucleation and apatite formation catalyzed by sheep bone collagen, while the latter two were about equally susceptible. Combinations of Mg with Sr or F ions showed additive effects. These results suggest that no specific effects of these inhibitors occurred on the catalytic action of the bone collagen different from their effects on the nucleation of apatite as such.
    Type of Medium: Electronic Resource
    Location Call Number Expected Availability
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  • 5
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    Springer
    Calcified tissue international 8 (1971), S. 287-303 
    ISSN: 1432-0827
    Keywords: Calcification ; Bone ; Matrix ; Apatite ; Nucleation ; Electron microscopy
    Source: Springer Online Journal Archives 1860-2000
    Topics: Biology , Medicine , Physics
    Description / Table of Contents: Résumé Du collagène d'os compact de mouton est préparé par décalcification dans I'EDTA et à partir de tendons de queux de rats, par extraction dans l'acide acétique et reconstitution dans NaCl. Le dépôt d'apatite dans le collagène osseux de mouton dans une solution de calcification métastable est étudié chimiquement et par microscopie électronique. Le collagène osseux est un bon catalyseur de nucléation pour le dépôt minéral, alors que le collagène de tendons de rat ne l'est pas. Le dépôt minéral du collagène osseux se produit en deux phases cinétiques séparées, une phase rapide de nucléation et une croissance cristalline, donnant naissance à de petits ilots calcifiés et une seconde phase lente de croissance dans des régions ne comportant pas de zones catalytiques. La seconde phase de dépôt minéral paraît être le résultat d'une diffusion inhibée d'ions à travers les fibrilles collagènes alignées, laissant de larges régions de collagène sans minéral, bien que le tampon reste hautement sursaturé. La microscopie électronique permet de penser que les zones de catalyse pourraient avoir un rapport avec la périodicité de 640 Å de collagène, mais l'importance d'un matériel noncollagènique, lié au collagène, n'est pas à exclure. L'activité catalytique faible du collagène reconstitué n'est pas liée à la présence d'inhibiteurs faiblement liés, bien que des inhibiteurs puissent être intimement liés à ce type de collagène, qui pourrait être absent du collagène osseux. La différence d'activité catalytique pourrait intervenir dans la calcification physiologique. Une hypothèse plus générale pour la nucléation de la phase minérale dans les systémes biologiques est nécessaire.
    Abstract: Zusammenfassung Kollagen wurde aus kompaktem Schafsknochen mittels EDTA-Entkalkung und aus Rattenschwanzsehnen durch Essigsäureextraktion und Rekonstitution mit NaCl gewonnen. Die Apatitablagerung aus einer metastabilen Verkalkungslösung auf Schafsknochenkollagen wurde chemisch und im Elektronenmikroskop untersucht. Es zeigte sich, daß das Knochenkollagen ein guter Nukleationskatalysator für die Mineralablagerung ist, was beim Rattenschwanzkollagen nicht zutraf. Im Knochenkollagen erfolgte die Mineralablagerung in zwei getrennten kinetischen Phasen: einer raschen Phase der Nukleation und des Kristallwachstums, welche kleine verkalkte Inseln entstehen läßt, und einer zweiten langsamen Phase, welcher das Wachstum in Bezierken, die keine katalytischaktiven Stellen einschließen, zuzuschreiben ist. Diese zweite Phase der Mineralablagerung wird als Resultat einer verminderten Ionendiffusion durch die enganeinanderliegenden Kollagenfibrillen angesehen, wodurch weite Kollagenbereiche ohne Mineral bleiben, obwohl der Puffer stark übersättigt ist. Elektronenmikrographien ließen vermuten, daß die katalytischaktiven Stellen in einem gewissen Verhältnis zur 640 Å-Periodizität des Kollagens stehen; es konnte jedoch nicht ausgeschlossen werden, daß nicht-kollagenhaltiges Material, welches an Kollagen gebunden ist, ebenfalls eine Rolle spielt. Die schlechte katalytische Aktivität des rekonstituierten Kollagens konnte nicht auf die Anwesenheit von schwachgebundenen Hemmstoffen zurückgeführt werden, obwohl Inhibitoren stark an dieses Kollagen gebunden sein könnten, die jedoch im Knochenkollagen nicht vorhanden sind. Die Unterschiede in der katalytischen Aktivität können mit der physiologischen Verkalkung in Beziehung stehen. Eine allgemeinere Hypothese für die Nukleation einer Mineralphase in biologischen Systemen wäre erforderlich.
    Notes: Abstract Collagen was prepared from compact sheep bone by decalcification with EDTA and from rat tail tendons by acetic acid extraction and reconstitution with NaCl. The deposition of apatite in sheep bone collagen in a metastable calcification solution was studied chemically and by electron microscopy. The bone collagen was shown to be a good nucleation catalyst for mineral deposition, while rat tail collagen was a poor catalyst. Mineral deposition in bone collagen occured in two separate kinetic phases, a rapid phase of nucleation and crystal growth, giving rise to small calcified islands, and a second slow phase, ascribed to growth in regions not involving the catalytic sites. This second phase of mineral deposition is considered to be the result of impaired ion diffusion through the closely-aligned collagen fibrils, thus leaving large areas of the collagen free of mineral even though the buffer remains highly supersaturated. Electron micrographs suggested that the catalytic sites might be in some relationship to the 640 Å periodicity of collagen, but a role for non-collagenous material bound to the collagen has not been excluded. The poor catalytic activity of reconstituted collagen was not due to the presence of loosely-bound inhibitors, although inhibitors could be strongly bound to this type of collagen and be absent from bone collagen. The differences in catalytic activity may have a bearing on physiological calcification. A more general hypothesis for nucleation of a mineral phase in biological systems is required.
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  • 6
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    Springer
    Calcified tissue international 2 (1968), S. 343-352 
    ISSN: 1432-0827
    Keywords: Nucleation ; Mineralization ; Bone ; Collagen ; Apatite
    Source: Springer Online Journal Archives 1860-2000
    Topics: Biology , Medicine , Physics
    Description / Table of Contents: Résumé Nous avons utilisé de la collagène d'os de mounton et de tendons de queues de rats et des cristaux d'apatite pour étudier dans un système modèle la catalysation de la nucléation et la déposition de minéral dans un tampon métastabile. La collagène d'os de mouton se trouvait être un bon catalysateur, tandis que des expériences antérieures ont démontré que la collagène de tendons de queues de rats était un catalysateur très faible. Le phase rapide de la déposition de l'apatite dans la collagène se termine aussitôt que le contenu du minéral a attaint au plus 50 à 60 pour cent, bien que la supersaturation du tampon est encore bien èlevée. Les résultats montrent que dans un tel système modèle la quantité du depôt minéral est réglée par des facteurs semblables à ceux qui opèrent pendant la calcification biologique.
    Abstract: Zusammenfassung Kollagen aus Schafsknochen und Rattenschwanzsehnen und Apatitkeime wurden verwendet in einem Modell-System zur Untersuchung der katalytischen Nukleation und der Fällung von Mineral in einem metastabilen Calciumphosphatpuffer. Kollagen aus Schafsknochen war ein guter Katalysator für die Nukleation, während in früheren Versuchen sich herausstellte, daß Rattenschwanzkollagen ein ganz schlechter Katalysator ist. Die schnelle Phase der Apatitfällung im Kollagen war beendet, wenn der Mineralgehalt bis zu 50–60% angestiegen war, obwohl der Puffer noch stark übersättigt war. Die Resultate weisen daraufhin, daß die Menge des gefällten Minerals in einem solchen Modell-System von ähnlichen Faktoren reguliert wird wie die biologische Verkalkung.
    Notes: Abstract Sheep bone collagen, rat tail tendon collagen and apatite seeds were used in a model system to study nucleation catalysis and mineral deposition in a metastable calcification buffer. Sheep bone collagen was shown to be a good nucleation catalyst, while earlier experiments have shown that rat tail tendon collagen was a very poor catalyst. The rapid phase of apatite deposition in the collagen was terminated as soon as a mineral content of not more than 50–60 per cent was reached, although the buffer was still highly supersaturated. The results suggest that the amount of mineral deposited in such a model system is regulated by factors similar to those operating in biological calcification.
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  • 7
    Electronic Resource
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    Springer
    Calcified tissue international 4 (1970), S. 31-33 
    ISSN: 1432-0827
    Source: Springer Online Journal Archives 1860-2000
    Topics: Biology , Medicine , Physics
    Type of Medium: Electronic Resource
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